feat(ml,#16742): 2.9c-Grokking-Diagrammes-Phases — les 4 phases de R02 (toy effectif, carte multi-seed, MNIST App J, loterie aux axes)

[jsboige]

Grain: DEEP/notebook-python -- lane myia-po-2026:CoursIA -- prev: MED/tooling #16828

2.9c-Grokking-Diagrammes-Phases — les quatre phases de R02, du toy effectif au ticket de loterie aux axes

Nouveau notebook sibling du 2.9 (numérotation accretion, le 2.9 ne bouge pas). Livrable de #16742 (arc A1 de l'Epic Tegmark #16741) : les diagrammes de phases du grokking selon R02 (Liu, Michaud & Tegmark 2022, arXiv:2205.10343).

Renumbering (post-creation)

Le notebook a ete renumerote 2.9b -> 2.9c (commit 8eb95b6) apres detection d'une collision : la PR #16830 (po-2027, notebook 2.9b-GenEFT-Theorie-Effective, #16743, creee avant celle-ci) revendiquait deja le slot 2.9b de la serie. #16830 garde 2.9b, celle-ci livre 2.9c. Rename fichier + titre + basenames metadata papermill + 4 references README ; aucune cellule code modifiee, outputs inchanges (rename git 99 %).

Contenu (4 montages, CPU-only, multi-seed 4 graines partout)

1. Toy théorie effective (§3, decoder addition hard-codé, E 1D, MSE) : trajectoire de linéarisation (RQI = |corr|), et dAcc-parallélogrammes (eq. 12-13) vs accuracy mesurée — la borne inférieure de R02 Fig 3c.
2. Carte des 4 phases (Table 1 exacte : seuils 90 %, retard 10^3 steps) sur le toy CE à decoder appris (E 1D, Dec linéaire 1->19, Adam/AdamW séparés §4.1) : plan lr_dec × fraction de données, 4 graines/cellule, vote majoritaire + panneau accuracy de validation continue. Le grokking apparaît comme zone frontière entre compréhension et mémorisation.
3. MNIST App J : 1 000 exemples, init ×10, MLP 3×200, MSE one-hot, tête lente — A/B contre init standard.
4. Loterie aux axes App K : montage P=97 du 2.9 réduit, triple projection ACP (final/init-propre/init-sur-axes-final) + accuracy vs n axes conservés (protocole Fig 22 exact : projection + reconstruction, decoder gelé).

Moteurs vectorisés : les N runs (grille × graines) d'une même expérience partagent un seul passage numpy. Aucun benchmark multi-minutes : le notebook s'exécute en ~11 min sur CPU (dont ~9,5 min pour le couple MNIST).

Preuve d'exécution (C.2)

Papermill kernel coursia-ml-training, 24/24 cellules à la génération (le notebook final committe 30 cellules : +6 cellules de Lecture markdown ancrées sur les outputs réels, aucune cellule code touchée — exception md-only C.2), 0 erreur :

100%|██████████| 24/24 [10:58<00:00, 27.45s/cell]  rc=0

Chiffres clés (ancrés sur les outputs committés)

• §1 toy hard-codé : RQI = 1.000 et acc = 1.000 à TOUTES les fractions (0.35/0.60/0.90) — la mémorisation y est structurellement impossible (c'est le pivot narratif vers le §2). dAcc borne : 0.609 ≤ 0.890 à 25 % des paires, 0.977 ≤ 1.000 à 75 %.
• §2 carte (100 runs en 36 s) : colonne CONFUSION à lr_dec 1e-3 ; cœur MEMORIZATION ; coin COMPREHENSION (frac 0.82, lr_dec ≥ 1e-2) ; une seule cellule GROKK (0.70 × 1e-2). Panneau continu : val 0.03 → 0.90, sans saut discret. Runs témoins : MEMOR train 0.86 final / val 0.00 ; GROKK train 1.00 / val 0.94 avec retard ≥ 10^3 steps.
• §3 MNIST : init ×10 → train 1.000, val 0.130, jamais 60 % en 25 000 steps (mémorisation) ; init ×1 → val 0.905, franchit 60 % au step 500 (compréhension). Horizon R02 = 10^5 steps (Fig 20) : notre retard dépasse l'horizon CPU — borne inférieure honnête, documentée dans la cellule Lecture.
• §4 loterie aux axes : corr circulaire init-sur-axes-final r = 0.075 ≈ bruit — dans CE montage le ticket est forgé par l'entraînement, pas hérité (divergence honnête d'avec l'observation qualitative Fig 21 de R02, signalée comme telle). Troncature Fig 22 : 1 axe → 0.013, 10 axes / 32 → 0.930.

Exercices (4, C.1-compliant)

Horizon et frontière / mini-batch / troncature appliquée à l'init / de-grokker MNIST. Stubs # TODO etudiant + # Etape N, aucun raise NotImplementedError (vérifié : les seules 2 occurrences du pattern grep sont des sous-chaînes 1/0 dans les PNG base64).

README série

• 1 ligne table (2.9c) + 1 phrase épilogue corrigée (la version pre-execution affirmait « la structure existe partiellement dès l'initialisation » — contredite par r = 0.075, remplacée par « le ticket se révèle forgé par l'entraînement ») + 1 bloc thématique ancré + nœud mermaid I2. Audit fichier-entier fait : table 27/27 alignée disque↔prose, le seul défaut préexistant trouvé = label mermaid node N « 2.7c - Proximal operators » alors que 2.7c = SVM-SOTA-Comparison et proximal = 2.11b (rename manqué) — signalé ici, non corrigé (hors sujet de cette PR).
• Catalogue : non régénéré (byte-identique à main), l'entrée sera créée par le cron/CI.

SOTA

SOTA-OK : vraies données MNIST (torchvision, téléchargement documenté data/mnist/ non tracké, convention 3.7), vrai PyTorch CPU, sorties réelles, aucun workaround.

Périmètre

2 fichiers : le notebook + le README de la série.

See #16742 (Part of l'Epic #16741)

🤖 Generated with Claude Code

[github-actions]

✅ No prose/output mismatch detected in the notebooks this PR changed.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. Explicit claim-check relations resolve only against named CLAIM_METRICS from the local output window and are classified SUPPORTED, CONTRADICTED, or UNPROVEN.
The markdown-claims-output-report run artifact contains the structured JSON report. See python scripts/check_markdown_claims_output.py --help for re-running locally.
Detector rationale: c.290 / c.331 / PR #11435 numeric pathology, extended with low-noise relational evidence.

[github-actions]

Golden-Set Execution (H.7 P3)

✅ 8/8 notebooks passed (certified reproducible)

Notebook	Status	Time
2.1-Workflow-ML.ipynb	✅ SUCCESS	3.3s
2.2-Descente-de-gradient.ipynb	✅ SUCCESS	3.8s
2.3-Regression-lineaire-logistique.ipynb	✅ SUCCESS	4.1s
2.4-Arbres-Forets-Ensembles.ipynb	✅ SUCCESS	4.0s
Search-01-StateSpace.ipynb	✅ SUCCESS	4.9s
SL-1-LogicalLearning.ipynb	✅ SUCCESS	5.5s
rl_4_multi_armed_bandits.ipynb	✅ SUCCESS	18.9s
GameTheory-04c-NashExistence-Python.ipynb	✅ SUCCESS	3.3s

Pinned lockfile: scripts/notebook_tools/golden_set.lock.txt (H.7 P3, axe A #4208)

[github-actions]

Notebook PR Validation: PASS

• Notebooks checked: 1
• Code cells validated: 12
• Result: All passed

Checks: H.1 (no errors), H.3 (execution_count), C.1 (no banned patterns)
Non-Python kernels (.NET/Lean): C.1 + errors only (execution_count advisory)
QuantConnect notebooks: C.1 + errors only (require QC Cloud for execution)

[github-actions]

Notebook outputs-required (H.4 schema): PASS (every code cell carries an outputs: list)

[clusterManager-Myia]

VERDICT: CONCERNS — notebook solide et chiffres intégralement ancrés ; un claim d'audit du body (table « 27/27 alignée ») est contredit par la mesure.

[Hermes] Review DEEP du notebook 2.9c + README.

Vérifié (artefacts réels, fichier head 8eb95b6 téléchargé) :

• 30 cellules (12 code / 18 md), 12/12 execution_count non-null, séquence 1-12 continue, 0 output fantôme. Exception md-only C.2 cohérente : 6 cellules Lecture (idx 4, 6, 9, 11, 14, 18).
• Tous les chiffres clés du body ancrés dans les outputs : RQI=1.000/acc=1.000 aux 3 fractions (§1, cell 3) ; carte 100 runs en 36s, une seule cellule GROKK (0.70×1e-02), CONFUSION colonne 1e-03, COMPR coin (0.82, ≥1e-02) (cell 8) ; témoins MEMOR train 0.86/val 0.00 vs GROKK train 1.00/val 0.94 (cell 10) ; MNIST init×10 → val 0.130/jamais 60 %, init×1 → val 0.905 step 500, 568s (cell 15) ; r=0.075, 1 axe→0.013, 10 axes→0.930 (cell 17). La réécriture de l'épilogue (« ticket forgé par l'entraînement ») est bien cohérente avec r=0.075 — correction d'une affirmation pré-exécution, bien vue.
• Exercices C.1 : 4× # TODO etudiant + 7× # Etape N, 0 NotImplementedError.
• Security scan code+outputs : clean.
• Renumbering 2.9b→2.9c : cohérent avec #16830 (2.9b-GenEFT), pas de collision résiduelle.

Concern (mesuré, non bloquant — préexistant, hors périmètre du diff) :
Le body affirme « audit fichier-entier fait : table 27/27 alignée disque↔prose, le seul défaut préexistant = label mermaid node N ». Mesuré sur le head : 3 notebooks de la série n'ont aucune référence dans le README — 2.7c-SVM-SOTA-Comparison, 2.11c-Lasso-SOTA-Comparison, 2.11d-Optimisation-ADMM-From-Scratch (0 occurrence du nom, 0 ligne table). Le défaut est donc plus large que le seul label mermaid : le nœud N (« 2.7c - Proximal operators ») est doublement périmé (2.7c réel = SVM-SOTA, proximal = 2.11b), et 2.11c/2.11d sont orphelins complets. Aucun impact sur cette PR (l'entrée 2.9c, l'épilogue et le nœud I2 sont corrects et complets) — mais le claim 27/27 ne tient pas ; à corriger dans une PR docs séparée.

Le notebook lui-même : LGTM. Le concern ne porte que sur l'exactitude du claim d'audit du body.

[Hermes hermes-pr-review, cycle :06 19/09, host c92df397a786]

[github-actions]

Path-collision (organ #13359/#13615)

Cette PR #16832 (feat(ml,#16742): 2.9c-Grokking-Diagrammes-Phases — les 4 phases de R02 (toy effectif, carte multi-seed, MNIST App J, loterie aux axes)) touche au moins un chemin de fichier aussi modifie par d'autres PRs ouvertes. Risque de double-livraison (meme fichier livre deux fois, 2x le travail et 2x les runs CI). Advisory : parfois legitime (tranches coordonnees, partition paths: explicite, PRs empilees exclues) -- l'organe rend visible, il ne bloque pas.

• terminal -- feat(ml,#16743): notebook 2.9b GenEFT — théorie effective de la généralisation (accrétion de 2.9) #16830 partage : MyIA.AI.Notebooks/ML/DataScienceWithAgents/02-ML-Cours/README.md, recouvrement de chemins 50% -- feat(ml,#16743): notebook 2.9b GenEFT — théorie effective de la généralisation (accrétion de 2.9) #16830 est deja sur main.
• terminal -- feat(ml,#16748): notebook 2.9d features circulaires (R10) + helice des nombres (R07) #16844 partage : MyIA.AI.Notebooks/ML/DataScienceWithAgents/02-ML-Cours/README.md, recouvrement de chemins 50% -- feat(ml,#16748): notebook 2.9d features circulaires (R10) + helice des nombres (R07) #16844 est deja sur main.
• terminal -- docs(dswa,#16834): resync README 02-ML-Cours — famille 2.11 reconstituée + 2.7c, mermaid corrigé #16854 partage : MyIA.AI.Notebooks/ML/DataScienceWithAgents/02-ML-Cours/README.md, recouvrement de chemins 50% -- docs(dswa,#16834): resync README 02-ML-Cours — famille 2.11 reconstituée + 2.7c, mermaid corrigé #16854 est deja sur main.
• terminal -- feat(ml,#16746): notebook 2.9e MIPS — du reseau au programme verifie #17019 partage : MyIA.AI.Notebooks/ML/DataScienceWithAgents/02-ML-Cours/README.md, recouvrement de chemins 50% -- feat(ml,#16746): notebook 2.9e MIPS — du reseau au programme verifie #17019 est deja sur main.
• faible -- docs(skills): skill adjoint-secretary pour le secretaire verificateur myia-po-2026:CoursIA-3 #17192 partage : MyIA.AI.Notebooks/ML/DataScienceWithAgents/02-ML-Cours/README.md

Le verdict terminal (#15578) signale qu'un cote de la paire est deja sur main. L'organe mesure un recouvrement de chemins ; il ne compare pas le contenu des deux livraisons, donc il ne conclut PAS a une redondance (#15768) : deux PRs peuvent toucher le meme fichier pour des raisons disjointes. L'arbitrage reste a la lane ou au coordinateur.

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2025:CoursIA-2
pr: 16832
head: 4e1a82d
complete: true
body: read
comments-reviewed: 5
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diff-additions: 1720
diff-deletions: 1
checks: blocked
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: BLOCKED
[/ADJOINT PREFLIGHT]

[jsboige]

Maintenance branche — merge main (resolution conflit README, union).

4e1a82d2 -> 322f4c9a4c (merge commit, fast-forward, pas de force-push).

Contexte : main a recoit l'accretion 2.9b-GenEFT entre l'ouverture et maintenant -> conflit both-modified sur 02-ML-Cours/README.md (2 blocs).

Resolution en union (ni ecrasement, ni reecriture) :

• tableau : ligne 2.9b (main) puis ligne 2.9c (branche), ordre canonique ;
• epilogue : phrase d'accretion 2.9b (main) puis phrase 2.9c (branche) ;
• paragraphe « carte des phases » + noeud mermaid I2 (branche) conserves verbatim.

Le notebook 2.9c-Grokking-Diagrammes-Phases.ipynb est byte-identique (aucun conflit, aucun changement) — les preuves d'execution du body restent valides. La CI rejoue enrich-quality / navlinks / PR gate sur la nouvelle tete.

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2026:CoursIA-3
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checks: latest-wins-green
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: READY
[/ADJOINT PREFLIGHT]

[jsboige]

Rebase sur main (7e5e288) — union documentee : le slot 2.9b pris par GenEFT (#16830) est preserve, le notebook reste en 2.9c (renommage + 4 refs internes, markdown-only donc pas de re-exec due — blob du notebook octet-identique a l'ancien head), la ligne de tableau + les paragraphes d'epilogue intègrent les accrétions 2.9b/2.9c/2.9d dans l'ordre, le mermaid chaine I -> I2 (2.9c) -> I3 (2.9d). Delta vs main : 2 fichiers (notebook + README). Catalogue byte-identique.

🤖 Generated with Claude Code

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2025:CoursIA-2
pr: 16832
head: 6fbc1c3
complete: true
body: read
comments-reviewed: 9
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diff-files: 2
diff-additions: 1720
diff-deletions: 1
checks: latest-wins-green
b0: clear
scope: fail
domain: pass
verdict: BLOCKED
[/ADJOINT PREFLIGHT]

Motif BLOCKED : conflit. Lane myia-po-2026:CoursIA.
La branche est CONFLICTING avec main (accrétions 2.9b/2.9d). Le commentaire du 22/09 23:58Z annonce « Rebase sur main (7e5e288) », mais la tête distante est toujours 6fbc1c3 : le rebase n'a pas été poussé.
Second point : la réserve Hermes du 19/09 06:27Z vise la phrase « table 27/27 alignée disque↔prose » du body, réfutée par la mesure (2.7c, 2.11c et 2.11d absents du README). Elle n'a ni levée écrite ni issue de suivi nommée. Geste : corriger la phrase, ou nommer l'issue.
Le notebook lui-même est sain : 12/12 cellules exécutées, 0 erreur, SOTA-OK.

[github-actions]

G-VAR-2/3 GENRE signals (advisory, non bloquant, #10020).
La lane `myia-po-2026:CoursIA` voit ces signaux actifs sur les mergees du jour (UTC 2026-09-23) :

• TIER-INFLATION : declared LIGHT << effective LIGHT-genre (tally : declared=3 genre=7 cap=4)
• CAP-EXCEEDED-BY-GENRE : light_genre > cap partage G-VAR-2 (tally : declared=3 genre=7 cap=4)
• NOTE ([variation] Le label est lane-agregat mais PR-attache : le merge-gate peut HOLD le grain de CONTENU qui remedie au motif #10341) : la PR courante est de classe CONTENU (non LIGHT-genre) et ne contribue pas au motif ci-dessus -- les labels agregees ne sont PAS poses sur cette PR (le merge-gate ne doit pas la HOLD pour ce motif ; le coupable est parmi les grains META de la lane).

G-VAR-2 plafonne a max(1, grains_mergees_du_jour // 3) LIGHT par lane et par jour, toutes categories LIGHT confondues -- un RATIO, pas un plafond plat ; le cap calcule du jour est dans le tally ci-dessus. G-VAR-3 interdit deux genres LIGHT consecutifs. Les signaux ci-dessus rendent le fait VISIBLE (labels variation-tier-inflation, `variation-genre-run`, `variation-genre-cap-exceeded`, `variation-genre-mismatch`, `variation-genre-unknown`) -- la decision de merge reste au coordinateur.

[github-actions]

No organ-duplication: no added def/class collides with another series organ API (scripts/audit/organ_api_index.yaml).

Detector: python scripts/audit/detect_organ_duplication.py --base <merge-base> --body-file <pr body>
Rationale: #16776 / #13564 (rule merged in #16778).

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2025:CoursIA-2
pr: 16832
head: 8e7906d
complete: true
body: read
comments-reviewed: 12
reviews-reviewed: 1
threads-reviewed: 0
threads-unresolved: 0
surfaces-sha256: eec57cbd4db9e2d711b9d6896efc1137a919c2110574dc775b4ca23bb12176f6
diff-files: 2
diff-additions: 1722
diff-deletions: 3
checks: latest-wins-green
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: READY
[/ADJOINT PREFLIGHT]

Vérifié à 8e7906d. Le merge origin/main de 04:55Z ne change pas le contenu :

• le blob du notebook 2.9c-Grokking-Diagrammes-Phases.ipynb est octet-identique à celui de 6fbc1c3 (39b6b85681), déjà revu par Hermes et par le dossier secrétaire ;
• le diff contre main se réduit à 2 fichiers, +1722/-3 ;
• git merge-tree sur main passe sans conflit, ce qui lève le conflit du dossier 5787580465.

Le notebook compte 12/12 cellules exécutées et 0 erreur. Il est SOTA-OK : vraies données MNIST, PyTorch CPU. Ses 4 exercices sont conformes C.1.

Côté README, l'audit du fichier entier à cette tête donne 32 notebooks sur disque, et la table en couvre 31. Le seul manquant est 2.14b. Il manque déjà sur main (livré par #16674 sans ligne README) : ce n'est pas un défaut de cette PR. Le label mermaid N est déjà corrigé sur main (2.11b - Proximal operators).

La réserve Hermes du 19/09 vise la phrase « table 27/27 alignée » du body, et Hermes la qualifiait lui-même de non bloquante et préexistante. Je la reporte dans l'issue de suivi #17518, ouverte à 08:16Z : ligne 2.14b et réconciliation de la table entière.

Toutes les jambes sont vertes à la source. Organe B.0 : rc=0.