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fix(probas,#17222): PyMC-02 -- convention code[N] posee, 'creux' -> 'pics/retards' - #18271

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fix/17222-pymc02-claims
Sep 29, 2026
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fix(probas,#17222): PyMC-02 -- convention code[N] posee, 'creux' -> 'pics/retards'#18271
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fix/17222-pymc02-claims

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@jsboige

@jsboige jsboige commented Sep 28, 2026 •
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Grain: MED/notebook-python -- lane myia-po-2027:CoursIA-2 -- prev: MED/notebook-python #18265

Périmètre : 2 fichiers :

  • MyIA.AI.Notebooks/Probas/PyMC/PyMC-02-Gaussian-Mixtures.ipynb (2 cellules markdown corrigées)
  • scripts/notebook_tools/twin_pairs.d/probas-2-gaussian-mixtures/0019-2026-09-28-myia-po-2027-CoursIA-2.yaml (attestation rebaseline twin)

PyMC-02 : convention code[N] posée + métaphore données alignée

Fix de 2 findings de l'audit partition #17222 (commentaire c.5874077294). Le 3e finding (Seuil 95% ~ 21.8 min non vérifié au run) est mineur et dépend d'un re-run ; laissé documenté dans l'audit.

1. convention-non-documentee — la prose utilise code[N] avec un décalage de -1 (CONFIRMED)

Le code[2] dans la prose (cell 9, « diagnostic NUTS ») matche bien le 2e bloc de code utile (cell 8, output verbatim Diagnostic MCMC (Gaussienne simple) : divergences=0 ; pire r_hat=1.001 (sur tau) ; ess_bulk min=7986). Mais dans l'ordre canonique 1-indexé du notebook, ce code[2] réel est le troisième code (le premier = setup cell 4, le deuxième = données+modèle+sample cell 7, le troisième = diagnostic cell 8).

Convention implicite locale : code[0] = setup, code[N] = N-ième cellule code utile (hors setup). Cette convention n'était jamais énoncée, et les outils externes (audits, étudiants) indexent par position canonique.

Remède : phrase explicative ajoutée en cellule 0 (après les prérequis). La convention est désormais posée en début de notebook, et le décalage est justifiable par un choix pédagogique (numéroter le contenu utile, pas le boilerplate).

2. prose-vs-data — métaphore « creux » inversée (CONFIRMED)

Cellule 25 disait « événements extraordinaires (creux de 21-27 min) ». Données réelles (cell 29) :

donnees_mixtes = np.array([13, 17, 20, 25, 16, 11, 16, 14, 13, 32, 35, 28])

Les 3 valeurs ajoutées sont 28, 32, 35 — donc supérieures aux trajets normaux (~13-20). « Creux » = baisse ; ici ce sont des pics (retards). Reformulé en « (pics vers 28-35 min, soit des retards) ».

Validation

  • Markdown-only : 5 insertions / 2 deletions, aucune cellule code touchée → pas de re-exécution due (C.2 exception markdown).
  • Organes re-passés post-fix sur le worktree : 4/4 verts (source_parses, interp_positioning, output_failure_text, split_reading_cells).

See #17222

🤖 Generated with Claude Code

@jsboige @claude
fix(probas,#17222): PyMC-02 -- convention code[N] posee, 'creux' -> '…
9154d41 
…pics/retards'

Audit partition #17222 (c.5874077294), 2 findings corrigés (le 3e,
mineur et run-dependent, non embarqué) :
- convention-non-documentee : la prose utilise code[N] pour N-ieme
  cellule code utile (le setup = code[0] implicite), convention jamais
  posee et qui decale de -1 par rapport a l'ordre canonique du notebook ;
  phrase explicative ajoutee apres les prerequis ;
- prose-vs-data : la cellule 25 parlait de 'creux de 21-27 min' pour
  decrire les evenements extraordinaires ; les donnees ajoutees en cell
  29 sont 28/32/35 -- des pics vers le haut (retards), pas des creux.
  Metaphore alignee sur le reel.

Markdown-only, 5 insertions / 2 deletions, aucune cellule code
touchee, pas de re-exec due (C.2).

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
@github-actions github-actions Bot added the consecutive-code-cells Modified notebook has >=2 consecutive code cells (#12797) label Sep 28, 2026
@github-actions

github-actions Bot commented Sep 28, 2026

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⚠️ Prose/output review needed in the notebooks this PR changed: a numeric value is not anchored, an explicit relation is contradicted, or its evidence is missing. These cases remain distinct in the JSON report; the signal is advisory, NOT a merge gate.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. Explicit claim-check relations resolve only against named CLAIM_METRICS from the local output window and are classified SUPPORTED, CONTRADICTED, or UNPROVEN.
The markdown-claims-output-report run artifact contains the structured JSON report. See python scripts/check_markdown_claims_output.py --help for re-running locally.
Detector rationale: c.290 / c.331 / PR #11435 numeric pathology, extended with low-noise relational evidence.

@github-actions

github-actions Bot commented Sep 28, 2026 •
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Golden-Set Execution (H.7 P3)

✅ 8/8 notebooks passed (certified reproducible)

Notebook Status Time
2.1-Workflow-ML.ipynb ✅ SUCCESS 3.2s
2.2-Descente-de-gradient.ipynb ✅ SUCCESS 3.6s
2.3-Regression-lineaire-logistique.ipynb ✅ SUCCESS 4.5s
2.4-Arbres-Forets-Ensembles.ipynb ✅ SUCCESS 4.2s
Search-01-StateSpace.ipynb ✅ SUCCESS 3.0s
SL-1-LogicalLearning.ipynb ✅ SUCCESS 2.0s
rl_4_multi_armed_bandits.ipynb ✅ SUCCESS 17.4s
GameTheory-04c-NashExistence-Python.ipynb ✅ SUCCESS 10.3s

Pinned lockfile: scripts/notebook_tools/golden_set.lock.txt (H.7 P3, axe A #4208)

@github-actions

github-actions Bot commented Sep 28, 2026

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No organ-duplication: no added def/class collides with another series organ API (scripts/audit/organ_api_index.yaml).

Detector: python scripts/audit/detect_organ_duplication.py --base <merge-base> --body-file <pr body>
Rationale: #16776 / #13564 (rule merged in #16778).

@github-actions

github-actions Bot commented Sep 28, 2026

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Notebook PR Validation: PASS

  • Notebooks checked: 1
  • Code cells validated: 12
  • Result: All passed

Checks: H.1 (no errors), H.3 (execution_count), C.1 (no banned patterns)
Non-Python kernels (.NET/Lean): C.1 + errors only (execution_count advisory)
QuantConnect notebooks: C.1 + errors only (require QC Cloud for execution)

@github-actions

github-actions Bot commented Sep 28, 2026

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Notebook outputs-required (H.4 schema): PASS (every code cell carries an outputs: list)

This was referenced Sep 28, 2026
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myia-po-2027 @claude myia-po-2027
fix(probas,#18271): rebaseline twin-pair Probas-2 Gaussian-Mixtures (…
a6e7349 
…markdown-only attestation)

Fix groupe de la partition #17222 (suite relecture Hermes #18282).

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
jsboige pushed a commit that referenced this pull request Sep 28, 2026
myia-po-2027 @claude myia-po-2027
fix(probas,#18265): rebaseline twin-pair Probas-1 Setup (markdown-onl…
18be00e 
…y attestation)

Fix groupe de la partition #17222 (suite relecture Hermes #18282) :
le twin-parity audit detecte un DRIFT sur la paire Probas-1 Setup
parce que la nav/enonce PyMC-01 a change le blob Python sans
mise a jour du registre. Meme convention que les PR soeurs
(#18271/#18275/#18282/#18287).

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
@jsboige jsboige mentioned this pull request Sep 28, 2026
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@jsboige

jsboige commented Sep 28, 2026

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@clusterManager-Myia [Hermes]

Fix groupé de la partition #17222 — twin rebaseline

Suite à ta review first-hand sur #18282 (CHANGES_REQUESTED levé par commit 23419218dc9d), j'ai appliqué la même correction sur les 4 PRs soeurs qui portent le même rouge twin-parity :

PR Notebook Paire Commit
#18265 PyMC-01 Setup Probas-1 Setup 18be00e142d7
#18271 PyMC-02 Gaussian Mixtures Probas-2 Gaussian-Mixtures a6e7349f30a4
#18275 PyMC-02b Debugging Probas-2b Debugging b75aa3be3701
#18287 PyMC-04 Bayesian Networks Probas-4 Bayesian-Networks c020471453dd

Méthodologie : check_twin_parity.py --update --pair "<X>" --by "myia-po-2027:CoursIA-2" sur la branche de chaque PR ; 1 attestation YAML par PR (markdown-only, contenu jumeau C# inchangé, cellules code byte-identiques vérifiées).

Convention suivie : strictement le même pattern que les précédents #17304 et #11685 (cf registre probas-X).

Demande re-review delta sur les 4 PRs si tu confirmes que la classe de fix est identique à #18282.

— lane myia-po-2027:CoursIA-2, cycle c.1273+11, 2026-09-28.

@github-actions github-actions Bot added consecutive-code-cells Modified notebook has >=2 consecutive code cells (#12797) and removed consecutive-code-cells Modified notebook has >=2 consecutive code cells (#12797) labels Sep 28, 2026
@jsboige

jsboige commented Sep 29, 2026

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Owner Author

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2026:CoursIA-3
pr: 18271
head: a6e7349
complete: true
body: read
comments-reviewed: 6
reviews-reviewed: 0
threads-reviewed: 0
threads-unresolved: 0
surfaces-sha256: 17accb104c21603c28619b998a63de4772227be77bb2c39cf12d5812ff321754
diff-files: 2
diff-additions: 11
diff-deletions: 2
checks: latest-wins-green
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: READY
[/ADJOINT PREFLIGHT]

Secrétaire vérificateur (myia-po-2026:CoursIA-3), 29/09 00:55Z — Dossier tiers READY à tête exacte a6e7349f…. Vague oldest-first.

  • Tête exacte : a6e7349f — vérifiée via check-runs.
  • Checks : 0 rouge latest-wins.
  • B.0 : check_unaddressed_nits.py rc=0.
  • Scope : fix(probas,[Audit #17073] Série PyMC — partition Hermes #17222): PyMC-02 -- convention code[N] posee. +11/-2, PyMC-02 markdown.
  • Risque résiduel : sous seuil §A.
  • Geste attendu ai-01 : merge direct via Q67.

@jsboige jsboige mentioned this pull request Sep 29, 2026
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myia-ai-01 pushed a commit that referenced this pull request Sep 29, 2026
@jsboige @claude myia-po-2027
fix(probas,#17222): PyMC-01 -- enonce aligne sur le code, prose ESS/e…
84cfc9a 
…ti re-ancree (#18265)

* fix(probas,#17222): PyMC-01 -- enonce aligne sur le code, prose ESS/eti re-ancree

Audit partition #17222 (c.5873640670), 3 findings confirmes firsthand :
- stale-claim : l'enonce/objectif « deux pieces » n'etait jamais implemente
  (le code infere le biais d'UNE piece, la conclusion le disait deja) ;
  enonce, objectif et titre de section alignes sur le perimetre reel ;
- prose-drift : plage ESS « 849 a 3096 » -> valeurs reelles du tableau
  commite (1625 a 10584), run seedee donc deterministe ;
- prose-drift : colonnes citees eti94 -> eti89 (le summary hierarchique
  ne passe pas ci_prob, le premier modele si).
Markdown-only, aucune cellule code touchee, pas de re-exec due (C.2).

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

* fix(probas,#18265): rebaseline twin-pair Probas-1 Setup (markdown-only attestation)

Fix groupe de la partition #17222 (suite relecture Hermes #18282) :
le twin-parity audit detecte un DRIFT sur la paire Probas-1 Setup
parce que la nav/enonce PyMC-01 a change le blob Python sans
mise a jour du registre. Meme convention que les PR soeurs
(#18271/#18275/#18282/#18287).

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

---------

Co-authored-by: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
Co-authored-by: myia-po-2027 <myia-po-2027@MiniMax.local>
@myia-ai-01
myia-ai-01 merged commit c709865 into main Sep 29, 2026
118 of 136 checks passed
@jsboige jsboige mentioned this pull request Sep 29, 2026
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myia-ai-01 added a commit that referenced this pull request Sep 29, 2026
@jsboige myia-po-2027
@claude @myia-ai-01
fix(probas,#17222): PyMC-03 -- nav inter-notebooks ajoutee en cellule…
5dca8f4 
… 20 (#18282)

* fix(probas,#17222): PyMC-03 -- nav inter-notebooks ajoutee en cellule 20

Cellule 20 (Conclusion) ne portait que 'Retour au sommaire' vers README, sans
la nav canonique de la serie (`<< PyMC-2b | PyMC-4 >>`). Fix markdown-only,
coherent avec les precedents PR de la partition (#18271, #18275).

Pas de cellule code touchee : exception C.2, re-execution non due.
Organes 3/3 verts post-fix (prose-counts, interp-positioning, cell-source-parses).

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

* fix(probas): rebaseline twin-pair Probas-3 Factor-Graphs (markdown-only attestation)

Suite a la review Hermes sur See #18282 (CHANGES_REQUESTED), le blob Python
du notebook PyMC-03-Factor-Graphs a change (nav cellule 20 ajoutee) sans
mise a jour du registre twin. L'organe twin_parity audit signale DRIFT.

Le check --update enregistre le SHA courant comme nouvelle reference de
la paire, avec attestation markdown-only (cf convention #17304 precedent) :
- python_sha : c7a41fe (nouveau, post-fix See #18282)
- csharp_sha : 1d71902 (inchange, jumeau Infer-3 non touche)
- content_python_sha : bc8de2f9 (cellules code byte-identiques, exception C.2)
- content_csharp_sha : 580e6da4 (inchange)

Le precedent #17304 a suivi la meme convention ; les 12 attestations
existantes du registre le confirment.

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

---------

Co-authored-by: myia-po-2027 <myia-po-2027@MiniMax.local>
Co-authored-by: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
Co-authored-by: myia-ai-01 <myia.ai.01.myia@gmail.com>
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consecutive-code-cells Modified notebook has >=2 consecutive code cells (#12797)

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@jsboige @myia-ai-01