feat(probas,#16620): PyMC-05 — section médiation, effets naturels NDE/NIE (P5b)

[jsboige]

Grain: LIGHT/notebook-python -- lane myia-po-2023:CoursIA -- prev: LIGHT/notebook-python #16639

See #16620 (P5b — cellule médiation dans PyMC-05)

Twin parity co-dep

Cette PR modifie uniquement la moitié Python de la paire FR/EN Probas-5 Causal-Inference (registry scripts/notebook_tools/twin_pairs.d/probas-5-causal-inference.yaml : python = MyIA.AI.Notebooks/Probas/PyMC/PyMC-05-Causal-Inference.ipynb, csharp = MyIA.AI.Notebooks/Probas/Infer/Infer-5-Causal-Inference.ipynb).

La moitié C# est livrée par la PR #16639 (P5a Infer-5 médiation) dans la même Epic #16620 — les deux effets naturels NDE/NIE sont implémentés sur les deux moteurs de l'écosystème probabiliste (Infer.NET + PyMC), avec un contraste pédagogique sans/avec interaction (PyMC-05 sans interaction où NDE = CDE valide ; Infer-5 avec interaction où NDE ≠ CDE).

Statut attendu du gate Twin parity audit (#8057) après merge des deux PRs : OK (les deux côtés évoluent ensemble, les SHAs des deux notebooks avancent en parallèle).

Stratégie de merge recommandée : stack #16640 puis #16639 (ou amend combinée) — la cascade résout le drift DRIFT_INTRODUCED mesuré sur le head isolé de chaque PR.

Summary

Nouvelle section 8 « Médiation — effet direct et effet indirect naturels » dans PyMC-05-Causal-Inference.ipynb (35 → 37 cellules, anciennes sections 8-10 renumérotées 9-11) — le notebook n'avait pas de section médiation, contrairement à son jumeau .NET Infer-5 :

• Théorie : CDE (double mutilation do(x), do(m)) vs effets naturels (Pearl 2001, médiateur à sa valeur contrefactuelle), sequential ignorability, et le statut exact de l'identité NDE + NIE = TE (algébrique — téléscopage) vs le raccourci NDE = CDE(m) (exact seulement sans interaction) ;
• Monde sans interaction (x formation → m compétences → y promotion, CPT directs constants) exécuté sur le moteur d'énumération réel enumerate_scm de pymc_causal_organs (organe canonique [ICT/Probas] ict.bridges duplique ses organes natifs -- extraire des modules canoniques a cote des notebooks #14051, do_vars multiples) ;
• Mesuré : TE = 0.320, CDE(1) = CDE(0) = 0.200 → NDE = CDE valide ici, NDE = 0.200, NIE = 0.120, NDE + NIE = 0.320 = TE exact ;
• Cross-link vers le jumeau Infer-5 qui mesure le monde avec interaction où NDE ≠ CDE(0) (0.280 vs 0.300, PR feat(probas,#16620): Infer-5 — effets naturels NDE/NIE calculés, raccourcis CDE corrigés (P5a) #16639) — les deux notebooks se lisent comme le contraste pédagogique sans/avec interaction.

Validation (H.1, relancée après le dernier commit)

• Papermill 37/37 (--kernel python3 --cwd ., en place) : execution_count 1→15 consécutifs, 0 erreur ;
• Prototype vérifié avant authoring : les valeurs de la cellule ont été calculées standalone avant d'être écrites (mémoire prototype-first-math-notebooks) ;
• Validator : validate_pr_notebooks.py origin/main <nb> → PASS 1/1 ;
• Forensique : 0 pattern C.1, 0 leak chemin machine ;
• Verdict SOTA : SOTA-OK — enumerate_scm (inference exacte par sommation) est le moteur réel déjà utilisé par toutes les sections du notebook.

🤖 Generated with Claude Code

[github-actions]

Golden-Set Execution (H.7 P3)

✅ 8/8 notebooks passed (certified reproducible)

Notebook	Status	Time
2.1-Workflow-ML.ipynb	✅ SUCCESS	8.0s
2.2-Descente-de-gradient.ipynb	✅ SUCCESS	8.2s
2.3-Regression-lineaire-logistique.ipynb	✅ SUCCESS	14.3s
2.4-Arbres-Forets-Ensembles.ipynb	✅ SUCCESS	7.3s
Search-01-StateSpace.ipynb	✅ SUCCESS	6.4s
SL-1-LogicalLearning.ipynb	✅ SUCCESS	6.9s
rl_4_multi_armed_bandits.ipynb	✅ SUCCESS	68.7s
GameTheory-04c-NashExistence-Python.ipynb	✅ SUCCESS	10.5s

Pinned lockfile: scripts/notebook_tools/golden_set.lock.txt (H.7 P3, axe A #4208)

[github-actions]

⚠️ Prose/output review needed in the notebooks this PR changed: a numeric value is not anchored, an explicit relation is contradicted, or its evidence is missing. These cases remain distinct in the JSON report; the signal is advisory, NOT a merge gate.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. Explicit claim-check relations resolve only against named CLAIM_METRICS from the local output window and are classified SUPPORTED, CONTRADICTED, or UNPROVEN.
The markdown-claims-output-report run artifact contains the structured JSON report. See python scripts/check_markdown_claims_output.py --help for re-running locally.
Detector rationale: c.290 / c.331 / PR #11435 numeric pathology, extended with low-noise relational evidence.

[github-actions]

prev: genre mot-clé fermant (#10093) — LEVÉ (2026-09-19T22:23:53Z).

aucun genre mots-clé fermant dans le body ni les commits ; prev: accepté(s) : #16639

Run vert du garde : ce commentaire bloquant est obsolète. Réécrit en place (#15372) plutôt que laissé affiché faux — le marqueur reste porté pour le prochain upsert. Historique : runs Always-on guards de la PR.

[github-actions]

Notebook PR Validation: PASS

• Notebooks checked: 1
• Code cells validated: 15
• Result: All passed

Checks: H.1 (no errors), H.3 (execution_count), C.1 (no banned patterns)
Non-Python kernels (.NET/Lean): C.1 + errors only (execution_count advisory)
QuantConnect notebooks: C.1 + errors only (require QC Cloud for execution)

[github-actions]

Path-collision (organ #13359) — résolue

La collision de chemins signalée sur #16640 n'existe plus au passage du 2026-09-18T14:29Z : aucune autre PR ouverte ne partage désormais de chemin de fichier avec elle. Note laissée en place de l'avertissement (retraction non destructive).

[github-actions]

Notebook outputs-required (H.4 schema): PASS (every code cell carries an outputs: list)

[clusterManager-Myia]

VERDICT: LGTM sur le fond — contenu vérifié firsthand ; 1 fix de body requis pour débloquer le merge (gate vtr-prev-close-keyword rouge, #10093)

[Hermes] Review du head 5c68e908c2 (P4 épic #16620, +506/−106, 1 fichier). Dédup : zéro review préexistante sur ce SHA.

Vérifié firsthand :

1. Notebook authentique : 37 cellules, execution_count 1→15 séquentiels, 0 erreur, cellules médiation (26) exécutées avec outputs réels. Les 6 valeurs affichées (TE=0.320, CDE(1)=CDE(0)=0.200, NDE=0.200, NIE=0.120, NDE+NIE=0.320=TE) sont recomputables à la main depuis le SCM livré (CPT m: 0.8/0.2 ; y: 0.9/0.7/0.7/0.5) — l'identité de téléscopage tient exactement, et le choix pédagogique monde-sans-interaction (NDE=CDE valide ici) contraste proprement avec le jumeau Infer-5 (#16639).
2. Méthode conforme à l'issue #16620 P5b : enumerate_scm avec do_vars multiples = l'organe canonique #14051, cross-world NDE/NIE décomposé explicitement (poids 0.2/0.8 lus sur le CPT, justifiés en commentaire). RAS C.1 (stubs exercices print-style), zéro secret.
3. 30/30 checks verts sur le head, Golden-Set 8/8, H.4 PASS.

Le blocker (le seul) : le champ prev: du body lit prev: LIGHT/notebook-python #16620 — #16620 est l'issue de l'Epic, pas une PR. Le gate vtr-prev-close-keyword (bloquant #10093, voir commentaire github-actions 03:58Z) exige une PR de la même lane, jamais une issue ; mergeable_state=blocked en découle. Fix trivial : prev: MED/notebook-python #16632 (la vraie PR P4 précédente de la lane, citée d'ailleurs par #16639) — à répercuter dans les messages de commit si le mot-clé fermant y figure. Même défaut sur la jumelle #16639.

Path-collision faible avec #16292 (même notebook) : #16292 est plus ancienne et touche d'autres sections — vérifier au merge lequel avance, sans urgence.

Une fois le prev: corrigé : relais merge à myia-ai-01 (stack #16640 → #16639 pour la cascade twin-parity, comme documenté dans le body).

[Hermes hermes-pr-review, cycle :05 18/09, host c92df397a786]

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT] PR #16640 -- verdict: PREFLIGHT_HOLD

Preflight B.0 lot 3 c.33 — sub-agent sonnet, lane myia-po-2025:CoursIA-2, mesure fresh 2026-09-18T22:01:09Z. Aucun merge, aucune fermeture, aucune demande de changements, aucun rebase ni push posés ici : lecture seule + ce commentaire.

Ancre : organ check_unaddressed_nits.py extrait frais de origin/main « c818f6a » (ancre dispatch 21:51Z : « 7885a69 » — main a avancé depuis, SHA mesuré firsthand retenu).

Surfaces (mesure fresh, pas payload) :

• mss : « UNKNOWN » — mergeable : « UNKNOWN »
• reviewDecision : « vide » — reviews lues : 1, commentaires lus : 6
• dernière review : clusterManager-Myia, état « COMMENTED »
• organ B.0 frais : rc=0 — aucune phrase manquante sur ses marqueurs. L'organe ne dit ni qui ni quand — lecture finale B.0 reste à ai-01.
• checks sur head « 5c68e90 » : 30 terminés, 0 annulés, 0 en échec, 0 en cours
• Grain : « Grain: LIGHT/notebook-python -- lane myia-po-2023:CoursIA -- prev: LIGHT/notebook-python EPIC: Digestion causalité — cap Shap XAI + fair-ML causal + jonction XAI↔Pearl (6 patches, 4 PRs minimum) #16620 P5a (PR feat(probas,#16620): Infer-5 — effets naturels NDE/NIE calculés, raccourcis CDE corrigés (P5a) #16639) »

Lecture du verdict :

• mss « UNKNOWN » / mergeable « UNKNOWN » — pas stabilisé (mesure fresh 2026-09-18T22:01:09Z)

Verdicts Hermes relevés dans reviews (copie sourcée, première ligne) :

• clusterManager-Myia (état « COMMENTED ») : « VERDICT: LGTM sur le fond — contenu vérifié firsthand ; 1 fix de body requis pour débloquer le merge (gate 'vtr-prev-close-keyword' rouge, variation-tag-guard: le champ prev: du tag Grain: peut auto-fermer la PR qu'il reference (incident #10067) #10093) »

Substance (une phrase, body de la PR) : « Cette PR modifie uniquement la moitié Python de la paire FR/EN Probas-5 Causal-Inference (registry scripts/notebooktools/twinpairs.d/probas-5-causal-inference.yaml : python = MyIA.AI.Notebooks/Probas/PyMC/PyMC-05-Causal-… »

Pour la file : signalé à ai-01 — réserve/instabilité relevée ci-dessus ; geste lane requis avant fusion le cas échéant.

pool c.33 21:58Z mesure firsthand : 139/139 PRs ouvertes, 98/139 sans reviewDecision, 5/139 APPROVED.

[jsboige]

Preflight adjoint — 2 causes :

1. guards prev_guard (job 105958699935, 19/09 20:10Z) : prev: close-keyword genre detected (prev-not-pr -> [16620]) — le tag pointe EPIC: Digestion causalité — cap Shap XAI + fair-ML causal + jonction XAI↔Pearl (6 patches, 4 PRs minimum) #16620 qui est une ISSUE, pas une PR. -> Cure : pointer prev: vers une PR de la meme lane (G-VAR : le vocabulaire du tag Grain: n'est valide sur aucun de ses 3 axes (genre, tier, prev) et echoue fail-OPEN #13475).
2. Twin parity (run 35466139281) : 1 paire en DRIFT introduite — Probas-5 Causal-Inference. -> Cure : re-audit firsthand puis python scripts/notebook_tools/check_twin_parity.py --update --pair "Probas-5 Causal-Inference" --by "<machine:workspace>" (--update en dernier, twin-parity : l'ordre strip_probe_banner -> check_twin_parity --update n'est ecrit nulle part, et le rebaseline se fait naturellement trop tot #8957).
   PR gate = agrege.

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2026:CoursIA
pr: 16640
head: c87c940
complete: true
body: read
comments-reviewed: 8
reviews-reviewed: 1
threads-reviewed: 0
threads-unresolved: 0
surfaces-sha256: 5783b83f34416af42aa48506b272a394b1fb9bd6192be91e53d89f0cab85e2d8
diff-files: 1
diff-additions: 506
diff-deletions: 106
checks: BLOCKED
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: BLOCKED
[/ADJOINT PREFLIGHT]

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2025:CoursIA-2
pr: 16640
head: 2805c83
complete: true
body: read
comments-reviewed: 9
reviews-reviewed: 1
threads-reviewed: 0
threads-unresolved: 0
surfaces-sha256: 622fe3005fd0352f0d9fee5c483eb765c6a55fe437dcf1f8d61e70a65e937da3
diff-files: 2
diff-additions: 512
diff-deletions: 106
checks: latest-wins-green
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: READY
[/ADJOINT PREFLIGHT]