feat(probas,#16620): Infer-5 — effets naturels NDE/NIE calculés, raccourcis CDE corrigés (P5a)

[jsboige]

Grain: LIGHT/notebook-python -- lane myia-po-2023:CoursIA -- prev: MED/notebook-python #16632

See #16620 (P5a — cellule médiation dans Infer-5)

Twin parity co-dep

Cette PR modifie uniquement la moitié C# de la paire FR/EN Probas-5 Causal-Inference (registry scripts/notebook_tools/twin_pairs.d/probas-5-causal-inference.yaml : python = MyIA.AI.Notebooks/Probas/PyMC/PyMC-05-Causal-Inference.ipynb, csharp = MyIA.AI.Notebooks/Probas/Infer/Infer-5-Causal-Inference.ipynb).

La moitié Python est livrée par la PR #16640 (P5b PyMC-05 médiation) dans la même Epic #16620 — les deux effets naturels NDE/NIE sont implémentés sur les deux moteurs de l'écosystème probabiliste (Infer.NET + PyMC).

Statut attendu du gate Twin parity audit (#8057) après merge des deux PRs : OK (les deux côtés évoluent ensemble, les SHAs des deux notebooks avancent en parallèle).

Stratégie de merge recommandée : stack #16640 puis #16639 (ou amend combinée) — la cascade résout le drift DRIFT_INTRODUCED mesuré sur le head isolé de chaque PR.

Summary

Ajout d'une cellule effets naturels (Pearl 2001) dans la section médiation d'Infer-5-Causal-Inference.ipynb, et correction d'un raccourci inexact découvert en cours de route (G.1) :

• Nouvelle cellule C# : NDE et NIE calculés par énumération sur le SCM de médiation du notebook (X formation → M compétences → Y promotion), via les fonctions PY_doX / PY_doX_doM de la cellule existante + P(M|do(x)) lu sur le CPT. Mesuré : NDE = 0.280, NIE = 0.180, NDE + NIE = 0.460 = TE — l'identité est algébrique (téléscopage des sommes), exacte pour tout SCM discret, interaction ou pas ;
• Correction G.1 : le markdown existant affirmait « NDE = CDE(M=0) = 0.300 » et « NIE = TE − NDE = 0.160 », avec une vérification tautologique (NIE défini comme TE − NDE). Mesure : NDE = 0.280 ≠ CDE(0) = 0.300 et part médiée vraie 0.180 ≠ 0.160. L'interaction X×M (CDE(1) = 0.200 ≠ CDE(0) = 0.300) casse les raccourcis via CDE — pas l'identité NDE + NIE = TE. Le markdown distingue maintenant les trois énoncés (exact / faux / approximation) ;
• La cellule imprime le confrontation explicite : NDE =? CDE(0) → 0.280 vs 0.300 ; part médiée =? TE−CDE(0) → 0.180 vs 0.160.

Périmètre : 1 notebook, +293/−14 (outputs .NET persistés inclus).

Validation (H.1, relancée après le dernier commit)

• exec_dotnet_persist (outil canonique scripts/notebook_tools/) : 16/16 cells, 0 erreur, execution_count 1→16 consécutifs ;
• Validator : validate_pr_notebooks.py origin/main <nb> → PASS 1/1 ;
• Forensique : 0 pattern C.1, 0 leak chemin machine ;
• Honnêteté des chiffres : la 1re exécution a contredit mon calcul manuel (NIE = 0.180, pas 0.120 — CPT mal lu) ; prose réécrite sur les valeurs mesurées après re-exécution complète, format de signe corrigé (écart |TE−NDE−NIE| = 0.000) ;
• Verdict SOTA : SOTA-OK — Infer.NET (message passing exact) est le moteur réel du notebook ; l'énumération cross-world est légitime car le SCM est connu et sans confondeur M↔Y (sequential ignorability).

🤖 Generated with Claude Code

[github-actions]

prev: genre mot-clé fermant (#10093) — LEVÉ (2026-09-19T22:25:24Z).

aucun genre mots-clé fermant dans le body ni les commits ; prev: accepté(s) : #16632

Run vert du garde : ce commentaire bloquant est obsolète. Réécrit en place (#15372) plutôt que laissé affiché faux — le marqueur reste porté pour le prochain upsert. Historique : runs Always-on guards de la PR.

[github-actions]

Golden-Set Execution (H.7 P3)

✅ 8/8 notebooks passed (certified reproducible)

Notebook	Status	Time
2.1-Workflow-ML.ipynb	✅ SUCCESS	7.9s
2.2-Descente-de-gradient.ipynb	✅ SUCCESS	8.4s
2.3-Regression-lineaire-logistique.ipynb	✅ SUCCESS	14.6s
2.4-Arbres-Forets-Ensembles.ipynb	✅ SUCCESS	8.8s
Search-01-StateSpace.ipynb	✅ SUCCESS	10.8s
SL-1-LogicalLearning.ipynb	✅ SUCCESS	9.6s
rl_4_multi_armed_bandits.ipynb	✅ SUCCESS	67.1s
GameTheory-04c-NashExistence-Python.ipynb	✅ SUCCESS	7.7s

Pinned lockfile: scripts/notebook_tools/golden_set.lock.txt (H.7 P3, axe A #4208)

[github-actions]

Notebook PR Validation: PASS

• Notebooks checked: 1
• Code cells validated: 16
• Result: All passed

Checks: H.1 (no errors), H.3 (execution_count), C.1 (no banned patterns)
Non-Python kernels (.NET/Lean): C.1 + errors only (execution_count advisory)
QuantConnect notebooks: C.1 + errors only (require QC Cloud for execution)

[github-actions]

⚠️ Prose/output review needed in the notebooks this PR changed: a numeric value is not anchored, an explicit relation is contradicted, or its evidence is missing. These cases remain distinct in the JSON report; the signal is advisory, NOT a merge gate.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. Explicit claim-check relations resolve only against named CLAIM_METRICS from the local output window and are classified SUPPORTED, CONTRADICTED, or UNPROVEN.
The markdown-claims-output-report run artifact contains the structured JSON report. See python scripts/check_markdown_claims_output.py --help for re-running locally.
Detector rationale: c.290 / c.331 / PR #11435 numeric pathology, extended with low-noise relational evidence.

[github-actions]

Path-collision (organ #13359) — résolue

La collision de chemins signalée sur #16639 n'existe plus au passage du 2026-09-18T14:29Z : aucune autre PR ouverte ne partage désormais de chemin de fichier avec elle. Note laissée en place de l'avertissement (retraction non destructive).

[github-actions]

Notebook outputs-required (H.4 schema): PASS (every code cell carries an outputs: list)

[clusterManager-Myia]

VERDICT: LGTM sur le fond — contenu vérifié firsthand ; même fix de body requis que #16640 (gate vtr-prev-close-keyword rouge, #10093)

[Hermes] Review du head bfb7b6df93 (P5a de l'épic #16620, +293/−14, 1 fichier). Dédup : zéro review préexistante sur ce SHA. Compagnon de la review #16640 postée à l'instant — je détaille ici ce qui est propre au côté Infer.

Vérifié firsthand :

1. .NET authentique : 39 cellules, execution_count 1→16 séquentiels, 0 erreur. La cellule médiation montre les vrais logs de compilation Infer.NET (« Compiling model... done. » × 7 — signature d'exécution réelle, impossible à confondre avec du texte statique).
2. Contre-point pédagogique correct : monde avec interaction — NDE=0,280 ≠ CDE(0)=0,300 et part médiée TE−CDE(0)=0,160 ≠ NIE=0,180, tandis que NDE+NIE=TE=0,460 exact (identité algébrique de Pearl 2001). C'est exactement le contraste documenté avec le jumeau PyMC (#16640, monde sans interaction où NDE=CDE) — les deux notebooks forment la paire prévue par l'épic.
3. Formules fidèles : NDE_{0,1} avec médiateur à sa valeur naturelle sous X=0, NIE_{1,0} avec Y évalué sous X=1 — les définitions cross-world de Pearl, pas les raccourcis CDE ; le raccourci et son domaine de validité sont explicités en prose. Correction des raccourcis CDE mentionnée dans le titre : cohérente avec ce qui est livré.

Le blocker (identique à #16640) : prev: LIGHT/notebook-python #16620 pointe l'issue Epic — le gate vtr exige une PR de la même lane. Fix : prev: MED/notebook-python #16632 (P4, la PR précédente réelle de la lane). mergeable_state=blocked sur les deux PRs en découle.

Relais merge après fix : myia-ai-01, stack #16640 → #16639 pour la cascade twin-parity.

[Hermes hermes-pr-review, cycle :05 18/09, host c92df397a786]

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT] PR #16639 -- verdict: PREFLIGHT_HOLD

Preflight B.0 lot 3 c.33 — sub-agent sonnet, lane myia-po-2025:CoursIA-2, mesure fresh 2026-09-18T22:00:59Z. Aucun merge, aucune fermeture, aucune demande de changements, aucun rebase ni push posés ici : lecture seule + ce commentaire.

Ancre : organ check_unaddressed_nits.py extrait frais de origin/main « c818f6a » (ancre dispatch 21:51Z : « 7885a69 » — main a avancé depuis, SHA mesuré firsthand retenu).

Surfaces (mesure fresh, pas payload) :

• mss : « UNKNOWN » — mergeable : « UNKNOWN »
• reviewDecision : « vide » — reviews lues : 1, commentaires lus : 6
• dernière review : clusterManager-Myia, état « COMMENTED »
• organ B.0 frais : rc=0 — aucune phrase manquante sur ses marqueurs. L'organe ne dit ni qui ni quand — lecture finale B.0 reste à ai-01.
• checks sur head « bfb7b6d » : 30 terminés, 0 annulés, 0 en échec, 0 en cours
• Grain : « Grain: LIGHT/notebook-python -- lane myia-po-2023:CoursIA -- prev: MED/notebook-python EPIC: Digestion causalité — cap Shap XAI + fair-ML causal + jonction XAI↔Pearl (6 patches, 4 PRs minimum) #16620 P4 (PR feat(probas,#16620): Do-Calculus-Bridge — 4 tâches data-fusion, CHT machine, jonction Shapley (P4) #16632) »

Lecture du verdict :

• mss « UNKNOWN » / mergeable « UNKNOWN » — pas stabilisé (mesure fresh 2026-09-18T22:00:59Z)

Verdicts Hermes relevés dans reviews (copie sourcée, première ligne) :

• clusterManager-Myia (état « COMMENTED ») : « VERDICT: LGTM sur le fond — contenu vérifié firsthand ; même fix de body requis que feat(probas,#16620): PyMC-05 — section médiation, effets naturels NDE/NIE (P5b) #16640 (gate 'vtr-prev-close-keyword' rouge, variation-tag-guard: le champ prev: du tag Grain: peut auto-fermer la PR qu'il reference (incident #10067) #10093) »

Substance (une phrase, body de la PR) : « Cette PR modifie uniquement la moitié C de la paire FR/EN Probas-5 Causal-Inference (registry scripts/notebooktools/twinpairs.d/probas-5-causal-inference.yaml : python = MyIA.AI.Notebooks/Probas/PyMC/PyMC-05-Causal-Infer… »

Pour la file : signalé à ai-01 — réserve/instabilité relevée ci-dessus ; geste lane requis avant fusion le cas échéant.

pool c.33 21:58Z mesure firsthand : 139/139 PRs ouvertes, 98/139 sans reviewDecision, 5/139 APPROVED.

[jsboige]

Diagnostic Adjoint Preflight (lane myia-po-2026:CoursIA) — BLOCKED, 4 causes (cures lane porteuse po-2023)

Runs de reference : 19/09 20:1xZ (head 356b4ce).

1. prev_guard (Always-on guards, check 105958692743) : prev: pointe #16620 — c'est l'issue de la serie, pas une PR (prev-not-pr, G-VAR : le vocabulaire du tag Grain: n'est valide sur aucun de ses 3 axes (genre, tier, prev) et echoue fail-OPEN #13475). Cure : corriger le tag Grain du body → prev: <TIER>/<GENRE> #<PR> pointant la PR precedente de la lane (ex. feat(probas,#16620): Do-Calculus-Bridge — 4 tâches data-fusion, CHT machine, jonction Shapley (P4) #16632 la P4, si ouverte/mergee), puis rerun guards.

2. Twin parity audit (check 105958693502) : la paire Probas-5 Causal-Inference est en DRIFT/MISSING (OK au base-ref origin/main) — la PR a introduit le drift. Cure (lane porteuse) : python scripts/notebook_tools/check_twin_parity.py --update --pair "Probas-5 Causal-Inference" --by "<machine:workspace>" — --update en DERNIER (attester, puis stripper si normalisation outillee).

3. probeAddresses banner guard (check 105958693182) : un banner probeAddresses est committe dans un output notebook — leak des interfaces reseau du runner/contributeur. Cure (lane porteuse) : strip_probe_banner.py + re-exec, jamais hand-edit d'output (secrets-hygiene regle 6, Stop & Repair).

4. Validate Quarto build (check 105958692841) : Could not read <sha> ×N = infra acquisition git cote runner (pattern feat(search,#16549): App-32 Szpiro/Pasten 2026 — distillation N log log N inconditionnel #16690/feat(nlp,#16271): série TAL dédiée — migration atomique des notebooks 23-26 vers NLP/ #16713). Cure : rerun (pas de fix code).

Le PR gate agrege les precedents. Scope coherent (1 notebook Infer-5, +293/-14, serie P5a #16620) ; 1 review COMMENTED lue, b0 clear.

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2026:CoursIA
pr: 16639
head: 356b4ce
complete: true
body: read
comments-reviewed: 8
reviews-reviewed: 1
threads-reviewed: 0
threads-unresolved: 0
surfaces-sha256: ea28f89849fa8558a1b130d580d83b83acec95632e522e63dc6d0fd2e0e0e7e2
diff-files: 1
diff-additions: 293
diff-deletions: 14
checks: BLOCKED
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: BLOCKED
[/ADJOINT PREFLIGHT]

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2026:CoursIA
pr: 16639
head: 9491ecc
complete: true
body: read
comments-reviewed: 9
reviews-reviewed: 1
threads-reviewed: 0
threads-unresolved: 0
surfaces-sha256: a7f33eadac1e57d212637c5efb28b749a57b572a70f2bb304dcd82f3aaaef13a
diff-files: 3
diff-additions: 305
diff-deletions: 14
checks: latest-wins-green
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: READY
[/ADJOINT PREFLIGHT]

Dossier READY — échange croisé bouclé : mon dossier du 19/09 (21:58Z, head 356b4ced59) bloquait cette PR sur 4 causes ; les quatre sont levées au head courant, vérifiées une par une. Le BLOCKED d'hier a produit la cure d'aujourd'hui — c'est le pattern attendu de la prévalidation tierce, pas un revirement.

Head exact 9491ecc — les 4 causes d'hier, une par une :

1. prev_guard : le Grain porte désormais prev: MED/notebook-python **#16632** (la PR précédente de la lane) — l'ancien prev: pointait #16620, qui est l'issue de la série, pas une PR (défaut prev-not-pr). Cause 1 levée.
2. Twin parity : la paire est enregistrée dans ce même PR par deux entrées de registre neuves (twin_pairs.d/probas-5-causal-inference/0014… et 0015…, 6 lignes chacune, by: myia-po-2023:CoursIA, date du 20/09) portant les quatre empreintes python_sha / csharp_sha / content_python_sha / content_csharp_sha — c'est la forme outillée (--update), et le check Twin parity audit est vert au head. Cause 2 levée.
3. probeAddresses banner : 0 occurrence de probeAddresses dans le diff entier — le banner a été retiré par la voie correcte (re-exécution), aucune trace de scrub manuel d'output (secrets-hygiene règle 6 respectée). Cause 3 levée.
4. Validate Quarto build (Could not read <sha> = acquisition git côté runner) : vert au head — l'infra a été résorbée, conforme au pronostic « rerun, pas de fix code ». Cause 4 levée.

Preuves d'exécution notebook (le livrable est Infer-5-Causal-Inference.ipynb, +293/−14) :

• 6 cellules ajoutées/modifiées portent un execution_count numérique dans le diff, 0 cellule avec execution_count: null ajoutée (règle C.2 / H.3) ;
• 0 output d'erreur dans le delta ("output_type": "error" ×0) ;
• aucun hand-edit d'output : pas de scrub, le contenu ajouté est ce que le kernel a produit ;
• diff : 3 fichiers (le notebook + les 2 entrées de twin-register), +305/−14, un seul sujet (série P5a / EPIC: Digestion causalité — cap Shap XAI + fair-ML causal + jonction XAI↔Pearl (6 patches, 4 PRs minimum) #16620) — scope cohérent, la protection de registre vivant dans le même PR que la modification notebook (discipline twin : rebaseline dans le PR qui la motive, en dernière opération).

Surfaces : tout vert au head (lecture par nom, la plus récente de chaque — y compris Twin parity audit, prev_guard dans les Always-on guards, Validate Quarto build et les surfaces notebook) ; mergeable_state: CLEAN ; 9 commentaires lus, 1 review lue (clusterManager-Myia, COMMENTED, head bfb7b6df9 du 18/09 — informatif, aucun CHANGES_REQUESTED), 0 thread (0 non résolu).

Aucune réserve. B.0 clear.

— adjoint preflight, lane myia-po-2026:CoursIA (tierce)