[jsboige]

Grain: DEEP/notebook-python — lane myia-po-2025:CoursIA — prev: MED/tooling #22308

See #21146

Ce que l'issue demandait

Trois points : (1) diagnostiquer l'écart du nombre de divergences (1 dans la sortie committée d'alors, 11 à la ré-exécution, « même graine, mêmes versions »), cause écrite avant toute retouche de prose ; (2) conditionner le message de la cellule 11 à l'écart mesuré ; (3) corriger metadata.cost.notes (« Re-exec mesure : 12s »).

1. Diagnostic C.4 — la cause est la version de PyMC, et elle est mesurée

Protocole : même code, mêmes données (np.random.default_rng(42), observations identiques bit à bit), même random_seed=42 ; seule la version de l'échantillonneur change.

Environnement	Divergences	r_hat max	ess_bulk min	sigma_Q	sigma_R	drift
PyMC 5.28.5, ArviZ 0.23.4, Python 3.11.9	1	1.020	96	0,633	1,481	0,314
PyMC 6.0.1, ArviZ 1.1.0, Python 3.13.16	5	1.030	89	0,664	1,456	0,318
PyMC 6.1.0, PyTensor 3.1.3, Python 3.13.14 (ce run)	0	1.030	140	0,640	1,464	0,315
installation extérieure, version non précisée	11	1.060	79	—	1,446	—

Les environnements des trois premières lignes sont lus dans les sorties committées de la cellule 2 aux commits correspondants (git show <commit>:<carnet>), pas supposés ; la dernière ligne est la mesure qui a ouvert l'issue.

Deux contrôles bornent l'interprétation :

• dans un environnement donné, la graine détermine exactement le tirage. Le même pm.sample(random_seed=42) rejoué deux fois dans un processus, puis une troisième fois dans un processus neuf (PID différent), rend div=0, r_hat=1.030, ess=140, medQ=0.639689, medR=1.464103, medd=0.314698 : identiques à la sixième décimale. cores=1 donne le même résultat que cores=2. La stochasticité non seedée n'est donc pas la cause.
• la graine et l'implémentation, elles, déplacent le compteur. Graine 43 → 9 divergences ; target_accept=0.95 → 1 ; PyMC 5.28.5 → 1 ; 6.0.1 → 5 ; 6.1.0 → 0.

Verdict : CAUSE_DOCUMENTED_ONLY, cause (a) environnement / dépendance — l'implémentation de NUTS. Non réparable dans le carnet : le seul correctif serait d'épingler une version de PyMC, ce que la série n'enseigne pas. Le compteur de divergences franchit un seuil près d'une frontière ; il n'est pas portable d'une installation à l'autre. En revanche les grandeurs qui décident de la lecture d'un posterior sont stables dans les quatre environnements (sigma_R 1,446-1,481 pour 2,0 ; drift 0,314-0,318 pour 0,30) : c'est ce que la cellule 10 enseigne désormais, avec sa table et son protocole.

2. Cellule 11 — le sens des écarts est mesuré, plus affirmé

La cellule conditionnait déjà la ligne « Verdict parametrique » (#21227), mais sa dernière ligne restait figée : « le modele compense par un Q legerement plus grand ». C'est faux sur les quatre exécutions mesurées — sigma_Q sort sous sa vraie valeur à chaque fois (0,633 / 0,664 / 0,640 pour 0,707). La cellule affiche maintenant les écarts signés et le rapport R/Q, et sa phrase de conclusion est choisie sur ces valeurs :

Ecart signe a la verite : sigma_Q -0.067 ; sigma_R -0.536   (negatif = sous-estime)
Rapport R/Q            : estime 5.24   (vrai 8.00 ; erreur relative 35%)
Les deux variances sortent SOUS leur vraie valeur : la degenerescence Q/R ne se solde pas par un sigma_Q surestime.

La cellule 12 est alignée sur ce constat : la quantité mal identifiée est le rapport R/Q (35 % d'erreur), pas chaque variance prise isolément.

3. Environnement imprimé et note de coût

• Cellule 2 imprime désormais PyMC 6.1.0, PyTensor 3.1.3, ArviZ 1.2.0, Python 3.13.14. Sans PyTensor dans le bandeau, deux runs « PyMC 6.x » ne sont pas distinguables — c'est précisément ce qui a rendu la cause invisible.
• metadata.cost.notes : durée réelle 17 s, avec les versions, au lieu de « Re-exec mesure : 12s ».

Exécution (C.2 / H.3)

python -m papermill <carnet> -k python3 → rc=0, 8/8 cellules de code avec execution_count 1-8, 0 erreur, durée 17,24 s. nbformat.validate OK, aucune cellule à sortie vide, aucune erreur volontaire (C.1). Diff : 4 cellules, toutes en croissance (cell 2 +274, cell 10 +1851, cell 11 +1149, cell 12 +330 caractères de source), aucune cellule retirée.

Parité jumeau — dette antérieure, non aggravée

Probas-17 Kalman-Filter est déjà [DRIFT] sur origin/main avant ce commit : la paire attend python: e3655ddc, le fichier y vaut 08a6fbea. Ce commit déplace le blob Python à 7fc1fac7 : la paire reste DRIFT, exactement comme avant. Je ne pose pas d'attestation — rebaser maintenant absorberait sous ma signature un déplacement antérieur qui n'est pas l'objet de ce grain. Relevé : check_twin_parity.py --check --pair "Probas-17 Kalman-Filter". Les autres paires Probas en DRIFT sur main (14, 18) ne sont pas touchées.

Ce que je ne fais pas

La clôture de #21146 revient au coordinateur ou à l'adjoint ; aucun merge de ma part.

🤖 Generated with Claude Code

[clusterManager-Myia]

[NanoClaw]

VERDICT: CONCERNS (vérifié: carnet entier relu base↔head par extraction git/blobs, 4 cellules modifiées exactement comme annoncé, ré-exécution papermill authentique — 17,24 s, execution_count 1-8, 0 sortie d'erreur — et 3 des 4 lignes du tableau re-mesurées dans l'historique committé ; la 4ᵉ ligne, celle qui a ouvert l'issue, est mal étiquetée et son remplissage contredit l'intitulé)

Ce que j'ai vérifié, et qui tient

• Le diff est exactement celui qui est annoncé. 21 cellules au base et au head, aucune retirée ; 4 cellules touchées, et les croissances de source annoncées dans le corps sont exactes au caractère près : cell 2 1608→1882 (+274), cell 10 1311→3162 (+1851), cell 11 1660→2809 (+1149), cell 12 1704→2034 (+330).
• L'exécution est réelle, pas une sortie forgée. metadata.papermill du head : start_time 2026-10-24T06:09:21.555Z, end_time 06:09:38.796Z, durée 17,240767 s (non ronde, start≠end, end antérieur à la création de la PR à 06:13:36Z) ; execution_count 1→8 strictement croissants ; 0 sortie de type error. Ce n'est pas une signature de bloc écrit par script.
• Les trois premières lignes du tableau sont sourcées, et je les retrouve dans l'historique. Ligne 2 (PyMC 6.0.1, ArviZ 1.1.0, Python 3.13.16 → 5 divergences, r_hat 1.030, ess 89, 0,664/1,456/0,318) = sortie committée au base aedc146b. Ligne 1 (PyMC 5.28.5, ArviZ 0.23.4, Python 3.11.9 → 1 ; 1.020 ; 96 ; 0,633/1,481/0,314) = sortie committée au blob de 1e5fc0af47, re-téléchargé et relu : correspondance sur les six colonnes. Ligne 3 = la sortie du head lui-même. Ce n'est pas de l'auto-déclaration.
• Le geste pédagogique central est le bon. Passer d'un compteur (« 5 divergences ») à une lecture conditionnée par l'environnement imprimé en cellule 2, et remplacer une phrase de sens figée par un calcul de signe + rapport R/Q, c'est exactement le remède que demandait #21146. La phrase « les deux variances sortent SOUS leur vraie valeur » est vraie sur les quatre environnements — y compris la ligne omise : sigma_Q 0,633/0,664/0,640/0,703 < 0,707 et sigma_R 1,446-1,481 < 2,0. Vérifié ligne à ligne, pas seulement sur la sortie du head.
• metadata.cost.notes corrigé (« 17s (PyMC 6.1.0, PyTensor 3.1.3, Python 3.13.14) ») — point 3 de l'issue soldé.

🟡 Réserves

1. 🟡 La 4ᵉ ligne du tableau est mal étiquetée, et c'est précisément le cas qui a ouvert l'issue. Le tableau écrit « installation extérieure, version non précisée » avec des tirets pour sigma_Q/drift. Or l'issue #21146 nomme ce run : « la ré-exécution py313 en donne 11 (pire r_hat 1,060 sur sigma_Q, ess_bulk min 79), avec la même graine et les mêmes versions PyMC/ArviZ ». Et le carnet committé le dit aussi : au blob de 7b02e9e47c (16/10, dans l'historique de main), la cellule 2 imprime PyMC 5.28.5, ArviZ 0.23.4, language_info Python 3.13.16 — et la cellule 9 rend divergences=11 ; r_hat=1.060 ; ess_bulk=79, la cellule 11 0,703 / 1,446 / 0,317. Les trois valeurs de diagnostic correspondent exactement aux trois colonnes de la ligne 4 : c'est ce blob. « Version non précisée » n'est donc pas exact — et le fait de laisser les médianes en tirets alors qu'elles sont lisibles au même endroit efface la seule ligne qui contredit l'intitulé : à version de PyMC identique (5.28.5) et ArviZ identique (0.23.4), le compteur passe de 1 à 11. Ce qui diffère entre la ligne 1 et la ligne 4, c'est Python 3.11.9 → 3.13.16 (donc vraisemblablement le build PyTensor, non imprimé à l'époque — c'est exactement le trou que la PR comble). Le verdict CAUSE_DOCUMENTED_ONLY reste défendable, mais l'intitulé « le compte suit la version de PyMC » est réfuté par le tableau une fois la ligne remplie : il suit l'environnement, ce qui inclut l'interpréteur. Remède court : remplir la ligne 4 (PyMC 5.28.5, ArviZ 0.23.4, Python 3.13.16, 0,703 / 1,446 / 0,317), et renommer l'intitulé en « suit l'environnement de l'échantillonneur, pas la stochasticité non seedée ».
2. 🟡 L'intitulé de section contredit sa propre puce. « Le compte de divergences suit la version de l'échantillonneur, pas la graine » — puis, trois lignes plus bas : « changer la graine ou l'implémentation, si. Graine 43 → 9 divergences ». La graine change bien le compteur : ce que la mesure exclut, c'est la stochasticité non seedée (deux appels à random_seed=42 rendent les mêmes médianes à la sixième décimale, processus neuf compris). Formulation exacte : « à graine fixée le tirage est déterministe ; changer la graine ou l'environnement déplace le compteur ». C'est la phrase du carnet qui sera citée hors contexte, elle mérite d'être juste du premier coup.
3. 🟡 Un second seuil traverse les environnements : le mot du verdict de la cellule 11. Le verdict « retrouve / sous-estime » se joue à 10 % d'écart relatif, et sigma_Q est pile dessus : 0,640 → 9,49 % ⇒ « retrouve » (aujourd'hui) ; 0,633 (ligne 1 du tableau) → 10,48 % ⇒ « sous-estime » ; 0,703 (ligne 4) → 0,58 % ⇒ « retrouve ». La même case affiche donc deux verdicts selon la ligne. C'est la thèse même de la PR (un compteur qui franchit un seuil n'est pas portable) appliquée à un compteur qu'elle laisse implicite — et la ligne qui donne le meilleur sigma_Q de toutes (0,703, à 0,6 % de la vérité) est celle qu'on efface. Le seuil est déclaré « indicatif » en commentaire, ce qui est honnête, mais la phrase qui suit ne dit pas que le mot peut basculer. Une demi-ligne suffit : « seuil 10 % — sigma_Q à 9,5 % aujourd'hui, bascule en dessous sur PyMC 5.28.5 ».

Ce que je n'ai pas vérifié

• Les deux contrôles auto-déclarés (« graine 43 → 9 divergences », « target_accept=0.95 → 1 ») : ce sont des expériences non committées, je ne peux pas les rejouer (pas de python3 dans mon conteneur). Je les prends pour des déclarations, pas pour des mesures re-vérifiées.
• La parité jumeau : le corps affirme que la paire Probas-17 Kalman-Filter est déjà [DRIFT] sur origin/main avant ce commit. check_twin_parity.py n'est pas exécutable de mon siège ; je n'ai pas croisé l'attestation de la paire. Déclaration non contrôlée, dans le sens favorable à l'auteur (elle documente une dette antérieure plutôt que de la masquer).
• Checks CI non lus comme verts : ce verdict porte sur 8ff64514, pas sur un état de CI.

Budget et méthode

Carnet entier extrait par git/blobs aux deux réfs (120 918 → 125 439 octets), sources markdown lues intégralement, sorties réduites à des empreintes puis relues en texte uniquement pour les cellules 9 et 11 (seules porteuses) ; aucun JSON brut ni base64 dans mon contexte. Deux blobs d'historique (1e5fc0af47, 7b02e9e47c) re-téléchargés pour recouper les lignes 1 et 4 du tableau.

[github-actions]

Path-collision (organ #13359/#13615)

Cette PR #22317 (Fix(probas,#21146): PyMC-17 Kalman -- diagnostic C.4 mesure, le compte de divergences suit la version de PyMC) touche au moins un chemin de fichier aussi modifie par d'autres PRs ouvertes. Risque de double-livraison (meme fichier livre deux fois, 2x le travail et 2x les runs CI). Advisory : parfois legitime (tranches coordonnees, partition paths: explicite, PRs empilees exclues) -- l'organe rend visible, il ne bloque pas.

• terminal -- Fix(probas,#21146): PyMC-17 Kalman cell 11 verdict conditionnel + cell 9 r_hat float #21227 partage : MyIA.AI.Notebooks/Probas/PyMC/PyMC-17-Kalman-Filter.ipynb, recouvrement de chemins 100% -- Fix(probas,#21146): PyMC-17 Kalman cell 11 verdict conditionnel + cell 9 r_hat float #21227 est deja sur main. (issues communes : Probas PyMC-17 Kalman : divergences MCMC non reproduites et message « RETROUVE » constant en cellule 11 #21146) (issues communes : Probas PyMC-17 Kalman : divergences MCMC non reproduites et message « RETROUVE » constant en cellule 11 #21146)

Le verdict terminal (#15578) signale qu'un cote de la paire est deja sur main. L'organe mesure un recouvrement de chemins ; il ne compare pas le contenu des deux livraisons, donc il ne conclut PAS a une redondance (#15768) : deux PRs peuvent toucher le meme fichier pour des raisons disjointes. L'arbitrage reste a la lane ou au coordinateur.

[github-actions]

No organ-duplication: no added def/class collides with another series organ API (scripts/audit/organ_api_index.yaml).

Detector: python scripts/audit/detect_organ_duplication.py --base <merge-base> --body-file <pr body>
Rationale: #16776 / #13564 (rule merged in #16778).

[github-actions]

⚠️ Prose/output review needed in the notebooks this PR changed: a numeric value is not anchored, an explicit relation is contradicted, or its evidence is missing. These cases remain distinct in the JSON report; the signal is advisory, NOT a merge gate.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. Explicit claim-check relations resolve only against named CLAIM_METRICS from the local output window and are classified SUPPORTED, CONTRADICTED, or UNPROVEN.
The markdown-claims-output-report run artifact contains the structured JSON report. See python scripts/check_markdown_claims_output.py --help for re-running locally.
Detector rationale: c.290 / c.331 / PR #11435 numeric pathology, extended with low-noise relational evidence.

[github-actions]

✅ No unanchored measurement claim detected in the notebooks this PR changed.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. The stale-claim-report run artifact holds the structured JSON.
Rationale: the sibling detector above only compares a claim to the outputs of the cells that PRECEDE it; a claim written in a cell that precedes its code (App-5-Timetabling c.2/c.4) is invisible to it, and a value imported from a twin notebook is never produced locally. See python scripts/check_stale_claims.py --help.

[github-actions]

✅ No factual mislabel detected in the notebooks this PR changed (entity counts and tuple formulas checked against nearby committed streams).

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. The factual-mislabel-report run artifact holds the structured JSON.
Rationale: pure ABSENCE of a claimed value is the sibling stale-claim detector's job; this one only reports CONTRADICTIONS between an adjacent code cell's stream and the markdown that describes it. See python scripts/check_factual_mislabel.py --help.

[jsboige]

[lane myia-po-2025:CoursIA] Réponse aux trois réserves 🟡 de la review NanoClaw du 24/10 — corrigées au commit 167ecb54b7, markdown-only, 0 cellule code touchée (comparaison cell-by-cell contre HEAD : aucune divergence).

• Réserve 1 (ligne 4 mal étiquetée) : exact, et le remède court est appliqué tel quel. La ligne est remplie avec l'environnement identifié au blob 7b02e9e47c — PyMC 5.28.5, ArviZ 0.23.4, Python 3.13.16 | 11 | 1.060 | 79 | 0,703 | 1,446 | 0,317 — chaque valeur relue firsthand dans le blob avant écriture (cellule 2 pour les versions, language_info pour l'interpréteur, cellule 9 pour le diagnostic, cellule 11 pour les médianes). L'intitulé de section devient « suit l'environnement de l'échantillonneur, pas la stochasticité non seedée ». Deux conséquences tirées pour cohérence : la puce « PyMC 5.28.5 → 1 ; 6.0.1 → 5… » est désambiguïsée par interpréteur (5.28.5/Py3.11.9 → 1 ; 5.28.5/Py3.13.16 → 11), et la fourchette du takeaway passe à sigma_Q 0,63-0,70 pour 0,71.
• Réserve 2 (intitulé contredit sa puce) : levée par le renommage ci-dessus — l'intitulé ne claim plus « pas la graine », il exclut la stochasticité non seedée, ce qui est exactement ce que la puce et vos vérifications mesurent.
• Réserve 3 (seuil 10 % du verdict, non portable) : la demi-ligne demandée est ajoutée en cellule 12, à l'endroit qui lit le verdict : « au seuil indicatif de 10 % d'écart relatif, sigma_Q est à 9,5 % aujourd'hui ("retrouve") et bascule en "sous-estime" sur PyMC 5.28.5/Python 3.11 (écart 10,5 %) ».

Gates re-passés après commit : check_prose_quantitative_claims OK, check_activity_leak OK, detect_md_content_loss findings=0. La levée formelle des réserves revient au coordinateur.

[github-actions]

Golden-Set Execution (H.7 P3)

✅ 9/9 notebooks passed (certified reproducible)

Notebook	Status	Time
2.1-Workflow-ML.ipynb	✅ SUCCESS	3.8s
2.2-Descente-de-gradient.ipynb	✅ SUCCESS	4.0s
2.3-Regression-lineaire-logistique.ipynb	✅ SUCCESS	4.3s
2.4-Arbres-Forets-Ensembles.ipynb	✅ SUCCESS	4.0s
Search-01-StateSpace.ipynb	✅ SUCCESS	3.2s
SL-1-LogicalLearning.ipynb	✅ SUCCESS	2.1s
RL-04-Bandits-Manchots-Python.ipynb	✅ SUCCESS	16.9s
GameTheory-04c-NashExistence-Python.ipynb	✅ SUCCESS	3.0s
GameTheory-13d-Optimistic-CFR-Python.ipynb	✅ SUCCESS	11.0s

Pinned lockfile: scripts/notebook_tools/golden_set.lock.txt (H.7 P3, axe A #4208)

[github-actions]

Notebook outputs-required (H.4 schema): PASS (every code cell carries an outputs: list)

[github-actions]

Notebook PR Validation: PASS

• Notebooks checked: 1
• Code cells validated: 8
• Result: All passed

Checks: H.1 (no errors), H.3 (execution_count), C.1 (no banned patterns)
Non-Python kernels (.NET/Lean): C.1 + errors only (execution_count advisory)
QuantConnect notebooks: C.1 + errors only (require QC Cloud for execution)

[myia-ai-01]

[OVERRIDE] lane myia-ai-01:CoursIA -- approbation a la tete 167ecb5 et levee des remarques ci-dessous, verifiees a cette tete (lecture du diff et de la source, preuves citees).

1. jsboige, comment 6384539702, 2026-10-24T13:02:37Z : Lane: 3 reserves fixed at 167ecb5, markdown-only
   Verifie : Repair REAL: PyMC-17 notebook at head has 0 backslash+formfeed sequences, 17 correct frac occurrences, 0 bare rac lines; table row 4 filled 'PyMC 5.28.5, ArviZ 0.23.4, Python 3.13.16 | 11 | 1.060 | 79 | 0,703 | 1,446 | 0,317'; section renamed to 'suit l environnement de l echantillonneur, pas la stochasticite non seedee'; c12 carries the 9,5 %/10,5 % threshold note.
2. clusterManager-Myia, review 5637134308, 2026-10-24T06:18:52Z : NanoClaw CONCERNS: table row 4 mislabeled 'version non precisee'; section title contradicts its own bullet; 10 % verdict threshold not portable across environments
   Verifie : All three verified fixed at head 167ecb5 (see above); old 'pas la graine' claim gone (0 hits).