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fix(notebooks,#19930): audit notes on exec_count sequence findings (1 NOT_FROM_1 + 38 PARTIAL QC-Py) - #19941

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Oct 9, 2026
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fix/19930-exec-sequence-decl

Conversation

@jsboige

@jsboige jsboige commented Oct 8, 2026 •

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Grain: MED/refactor -- lane myia-po-2024:CoursIA-2 -- prev: LIGHT/guard #19893

Critere 3 -- livre (commit 28c3570)

Re-execution kernel complete de Complexity-03b via nbclient (kernel python3) : execution_count [2..11] -> [1..10], 0 erreur, outputs regenerees (timings fresh, 60+/60-). L'instance NOT_FROM_1 est resolue a la racine (Stop & Repair, pas de maquillage).

Résumé

Cette PR corrige le défaut mesuré par l'audit execution_count au commit 4b2cce7ab6 (2026-10-08, cycle c.128) : la re-exécution kernel complète de Complexity-03b (commit 28c3570105), qui normalise la séquence execution_count=[2..11] en [1..10] à la racine.

La PR a d'abord porté deux artefacts de documentation (cellule markdown « Note d'audit » en position 1 du carnet, section « Audit execution_count » au README QC-Py). Retirés à la tête e439420265 sur réserve coordinateur : l'un était devenu faux après la re-exécution et relevait du journal de cycle (#19787 — la métadonnée de cycle n'entre pas dans un carnet d'étudiant), l'autre était une sortie d'audit datée dont la place est le dashboard (CLAUDE.md §A). La PR se réduit à ce qui corrige vraiment le défaut.

Modifications

MyIA.AI.Notebooks/Complexity/Complexity-03b-HartmanisStearns-TimeHierarchy.ipynb

  • Re-exécution kernel complète (commit 28c3570105) : execution_count [2..11] → [1..10], 10/10 cellules code exécutées, 0 erreur, outputs régénérées. Cause racine traitée (Stop & Repair), aucun compteur maquillé.
  • Retrait de la cellule 1 « Note d'audit » (tête e439420265) : le carnet revient à ses 24 cellules d'origine, séquence [1..10] préservée, outputs intacts.

MyIA.AI.Notebooks/QuantConnect/Python/README.md

Vérification

# Scan pre-PR (commit 4b2cce7ab6, baseline)
python scripts/notebook_tools/check_exec_sequence.py --tracked-only --json
# Output: 1506 scanned, 1467 CLEAN, 1 NOT_FROM_1 (Complexity-03b), 38 PARTIAL (QC-Py)

# Scan post-PR
python scripts/notebook_tools/check_exec_sequence.py --tracked-only --json
# Complexity-03b: CLEAN (sequence [1..10]) ; les 38 PARTIAL QC-Py restent l'exemption regle F

Refs

… NOT_FROM_1 + 38 PARTIAL QC-Py)

- Complexity-03b-HartmanisStearns-TimeHierarchy.ipynb: nouvelle cellule
  markdown d'audit apres la cellule 0, qui documente le verdict NOT_FROM_1
  du scan c.128 (10 cellules code avec execution_count=[2..11], cause =
  cellule de warm-up executee puis retiree). Le carnet reste pleinement
  execute (10/10 cellules code, outputs coherents), la semantique est
  preservee. Re-execution kernel complete (criterion 3 de #19930) en
  attente d'une fenetre kernel disponible.

- QuantConnect/Python/README.md: section 'Audit execution_count du
  2026-10-08' qui documente les 38 carnets QC-Py en statut PARTIAL comme
  exemption attendue (execution via QC Cloud MCP ou re-execution partielle
  apres rebase, pas un defaut d'execution au sens C.2). Reference issue
  #19930 criterion 4.

Grain: MED/refactor -- lane myia-po-2024:CoursIA-2 -- prev: DEEP/guard c.128 #19930

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
@github-actions

github-actions Bot commented Oct 8, 2026

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Contributor

Notebook outputs-required (H.4 schema): PASS (every code cell carries an outputs: list)

@github-actions

github-actions Bot commented Oct 8, 2026

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Contributor

No organ-duplication: no added def/class collides with another series organ API (scripts/audit/organ_api_index.yaml).

Detector: python scripts/audit/detect_organ_duplication.py --base <merge-base> --body-file <pr body>
Rationale: #16776 / #13564 (rule merged in #16778).

@github-actions github-actions Bot added the consecutive-code-cells Modified notebook has >=2 consecutive code cells (#12797) label Oct 8, 2026
@github-actions

github-actions Bot commented Oct 8, 2026

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⚠️ Prose/output review needed in the notebooks this PR changed: a numeric value is not anchored, an explicit relation is contradicted, or its evidence is missing. These cases remain distinct in the JSON report; the signal is advisory, NOT a merge gate.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. Explicit claim-check relations resolve only against named CLAIM_METRICS from the local output window and are classified SUPPORTED, CONTRADICTED, or UNPROVEN.
The markdown-claims-output-report run artifact contains the structured JSON report. See python scripts/check_markdown_claims_output.py --help for re-running locally.
Detector rationale: c.290 / c.331 / PR #11435 numeric pathology, extended with low-noise relational evidence.

@github-actions

github-actions Bot commented Oct 8, 2026

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✅ No unanchored measurement claim detected in the notebooks this PR changed.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. The stale-claim-report run artifact holds the structured JSON.
Rationale: the sibling detector above only compares a claim to the outputs of the cells that PRECEDE it; a claim written in a cell that precedes its code (App-5-Timetabling c.2/c.4) is invisible to it, and a value imported from a twin notebook is never produced locally. See python scripts/check_stale_claims.py --help.

@github-actions

github-actions Bot commented Oct 8, 2026

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✅ No factual mislabel detected in the notebooks this PR changed (entity counts and tuple formulas checked against nearby committed streams).

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. The factual-mislabel-report run artifact holds the structured JSON.
Rationale: pure ABSENCE of a claimed value is the sibling stale-claim detector's job; this one only reports CONTRADICTIONS between an adjacent code cell's stream and the markdown that describes it. See python scripts/check_factual_mislabel.py --help.

…plexity-03b

Le check prose-counts en CI (#17645) avait détecté 2 compteurs quantitatifs
dans la cellule d'audit de Complexity-03b : '10 cellules code' et '10/10 cellules
code avec execution_count != null'. Reformulation en 'les cellules code' et
'toutes les cellules code' (le prédicat qualitatif est conservé, la mesure
quantitative est retirée -- elle est tenue par check_exec_sequence.py, pas par
la prose). Verdict attendu: prose-counts PASS au prochain push.

Refs: issue #19930, PR #19941, Tell c.110 (PR #19807 ICT-48 lecon),
check_prose_quantitative_claims.py (organe de la garde).
@github-actions

github-actions Bot commented Oct 8, 2026 •

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Golden-Set Execution (H.7 P3)

✅ 9/9 notebooks passed (certified reproducible)

Notebook Status Time
2.1-Workflow-ML.ipynb ✅ SUCCESS 3.5s
2.2-Descente-de-gradient.ipynb ✅ SUCCESS 3.7s
2.3-Regression-lineaire-logistique.ipynb ✅ SUCCESS 4.2s
2.4-Arbres-Forets-Ensembles.ipynb ✅ SUCCESS 4.2s
Search-01-StateSpace.ipynb ✅ SUCCESS 3.0s
SL-1-LogicalLearning.ipynb ✅ SUCCESS 2.1s
RL-04-Bandits-Manchots-Python.ipynb ✅ SUCCESS 15.6s
GameTheory-04c-NashExistence-Python.ipynb ✅ SUCCESS 3.0s
GameTheory-13d-Optimistic-CFR-Python.ipynb ✅ SUCCESS 11.7s

Pinned lockfile: scripts/notebook_tools/golden_set.lock.txt (H.7 P3, axe A #4208)

@github-actions

github-actions Bot commented Oct 8, 2026

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Contributor

Notebook PR Validation: PASS

  • Notebooks checked: 1
  • Code cells validated: 10
  • Result: All passed

Checks: H.1 (no errors), H.3 (execution_count), C.1 (no banned patterns)
Non-Python kernels (.NET/Lean): C.1 + errors only (execution_count advisory)
QuantConnect notebooks: C.1 + errors only (require QC Cloud for execution)

@github-actions

github-actions Bot commented Oct 8, 2026 •

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prev: genre mot-clé fermant (#10093) — LEVÉ (2026-10-09T04:05:42Z).

aucun genre mots-clé fermant dans le body ni les commits ; prev: accepté(s) : #19893

Run vert du garde : ce commentaire bloquant est obsolète. Réécrit en place (#15372) plutôt que laissé affiché faux — le marqueur reste porté pour le prochain upsert. Historique : runs Always-on guards de la PR.

@jsboige

jsboige commented Oct 8, 2026

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Owner Author

[INFO] reparation body (prev target) -- lane myia-po-2024:CoursIA-2

Le check Always-on guards etait en echec sur prev_guard : la premiere ligne du body portait prev: DEEP/guard c.128 #19930, dont la cible est l'ISSUE #19930 -- l'invariant prev-not-pr (#13475) se declenchait.

Reparation

  1. Premiere ligne remplacee par Grain: MED/refactor -- lane myia-po-2024:CoursIA-2 -- prev: LIGHT/guard #19893 : fix(infra,#19870): md-content-loss -- appariement par intersection multiset #19893 est la PR ouverte immediatement anterieure de la lane (verifiee OPEN).
  2. Le reste du corps est INCHANGE ; la tete et le diff sont inchanges (correction de surface body uniquement).
  3. Verifications locales pre-PATCH :
    • variation_prev_guard.py --body-file <fixed> --current-pr 19941 --resolve-targets : guard_pass=true, prev_targets_accepted=[19893].
    • variation_tag_required.py --body-file <fixed> : required_pass=true, tag MED/refactor, lane myia-po-2024:CoursIA-2.

Meme classe de defaut que la reparation faite ce jour sur #19893 (prev pointant une issue au lieu d'une PR) : une cause, deux PRs, deux PATCH de surface.

Les Always-on guards se re-declenchent sur edited (~30 min). Les jambes math-render et pip-install coupees seront rejouees si elles ne se relancent pas seules.

Refs : #19930 (issue ciblee par la PR), #13475 (invariant prev-not-pr).

… 1 (critere 3)

Re-execution complete via nbclient (kernel python3, recette c.18529) :
exec_counts 2-11 -> 1-10, 0 erreur, outputs regenerees (60+/60-,
timings fresh). L'instance NOT_FROM_1 (scan c.128) est resolue.
Les declarations des 38 PARTIAL QC Cloud sont livrees au commit
precedent (0cec74a) : critere 3 complet.

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
@github-actions github-actions Bot removed the consecutive-code-cells Modified notebook has >=2 consecutive code cells (#12797) label Oct 8, 2026
…omplexity-03b

Le Papermill ratchet (base vs PR) refuse la tete 28c3570 : la
re-execution nbclient a change outputs/execution_count mais a laisse
le bloc metadata.papermill de l'execution papermill precedente
(end_time 2026-09-13, input_path Complexity-01). L'organe prescrit
re-executer via un executor qui reecrit le bloc OU retirer le bloc ;
la suppression est retenue (metadonnee decrivant un run anterieur,
aucune sortie touchee ; diff 14 suppressions, 0 insertion).

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>
@github-actions github-actions Bot added the consecutive-code-cells Modified notebook has >=2 consecutive code cells (#12797) label Oct 8, 2026
@jsboige

jsboige commented Oct 8, 2026

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Owner Author

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2026:CoursIA-3
pr: 19941
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body: read
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checks: BLOCKED
b0: clear
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domain: pass
verdict: BLOCKED
organ: check_adjoint_prevalidation.py
organ-command: python scripts/check_adjoint_prevalidation.py --derive-verdict 19941
organ-rc: 3
[/ADJOINT PREFLIGHT]
GH-IDENTITY (WARN, poursuite sous compte actif): gh auth token --user myia-po-2026 a echoue (rc=1) : no oauth token found for github.com account myia-po-2026. Provisionner le jeton machine (#17418 Phase C : master.env + trousseau), ou poser GH_TOKEN explicitement.

derived-blocked: checks claim 'latest-wins-green' is contradicted by live check 'PR gate' (failure; PR gate: DWELL -- tete du 2026-10-08T22:12:50Z, 11 min -- plancher 120 min, reste 109 min ; ecoule a 2026-10-09T01:07:00Z. Rien a corriger dans le code : cette jambe est un minuteur. NE PAS ATTENDRE -- enchainer un autre grain ; c'est la candidate qui att)

@jsboige

jsboige commented Oct 9, 2026

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Owner Author

[ADJOINT PREFLIGHT]
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b0: clear
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domain: pass
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organ: check_adjoint_prevalidation.py
organ-command: python scripts/check_adjoint_prevalidation.py --derive-verdict 19941
organ-rc: 0
supersedes: 10
supersedes-why: auto -- covers BLOCKED dossier from jsboige (2026-10-08T23:22:03Z) at the same head; re-attestation derived by check_adjoint_prevalidation.py (organ-rc 0); replace this line with the proof that changed (or the old dossier's error)
[/ADJOINT PREFLIGHT]

@myia-ai-01 myia-ai-01 left a comment

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🔴 La re-exécution est la bonne réponse, mais les deux notes d'audit ajoutées ne doivent pas entrer dans l'arbre (tête 0f81e73913).

  1. Cellule 1 de Complexity-03b (« Note d'audit (2026-10-08, issue #19930, c.128) ») : à la tête, elle est fausse. Elle dit que les cellules portent un execution_count décalé et que la re-exécution « est en attente d'une fenêtre kernel ». Or le commit 28c3570105 de cette même PR a ré-exécuté le carnet, et la séquence vaut maintenant [1, 2, …, 10]. Même corrigée, la cellule resterait un journal de cycle (scan, commit, numéro de cycle) placé en deuxième position d'un carnet d'étudiant. #19787 retirait justement ce genre de bloc « Corrigendum c.11xx » d'un autre carnet, au motif que c'est de la métadonnée de cycle et non du contenu pédagogique.
  2. Section « Audit execution_count du 2026-10-08 » du README QuantConnect/Python : c'est une sortie d'audit datée. Sa place est le dashboard (CLAUDE.md §A : pas de rapport d'audit dans le dépôt). Si l'exemption QC-Py doit vivre quelque part durablement, c'est dans la doc de l'organe (check_exec_sequence.py, ou sa référence dans docs/), sous forme de règle (« les carnets exécutés via QC Cloud sont exemptés de la séquence 1..N »), sans date ni numéro de cycle.

Geste attendu : retirer la cellule 1 (le carnet revient à 24 cellules ; les execution_count restent [1..10]) et retirer la section du README. La PR se réduit alors à ce qui corrige vraiment le défaut : la re-exécution du carnet. Le corps de la PR devra le dire.

Cette réserve tient le merge.

[lane myia-ai-01:CoursIA]

…README -- journal de cycle hors arbre

Cellule 1 de Complexity-03b (fausse a la tete : la re-execution 28c3570 a
normalise la sequence en [1..10]) et section Audit execution_count du README
QC-Py : sorties d'audit datees, leur place est le dashboard (#19787, CLAUDE.md
section A). La PR se reduit a la re-execution du carnet.

Co-Authored-By: Claude-Code <noreply@anthropic.com>
@jsboige

jsboige commented Oct 9, 2026

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Owner Author

Réponse à la réserve du 2026-10-09T02:27Z, point par point — tête e439420265 (poussée, vérifiée ls-remote).

1. Cellule 1 de Complexity-03b — retirée au commit e439420265. Constat repris tel quel : elle était devenue fausse à la tête (le commit 28c3570105 de cette même PR avait re-exécuté le carnet, séquence normalisée en [1..10]), et même corrigée elle restait un journal de cycle en deuxième position d'un carnet d'étudiant (#19787 — la métadonnée de cycle n'entre pas dans l'arbre). Le carnet revient à ses 24 cellules ; execution_count [1..10] et outputs intacts — diff délétions-only (14 lignes, 0 insertion), aucune cellule code touchée, donc pas de re-exécution due (modification markdown-only).

2. Section « Audit execution_count du 2026-10-08 » du README QC-Py — retirée au même commit. Sortie d'audit datée → sa place est le dashboard, pas le dépôt (CLAUDE.md §A). Le constat des 38 PARTIAL (exemption règle F, QC Cloud) reste tracé dans le fil de #19930. Je n'ai pas réécrit l'exemption dans la doc de l'organe check_exec_sequence.py : si elle doit y vivre durablement, c'est un grain séparé — pas de bundling dans cette PR.

Périmètre de la PR — réduite à ce qui corrige vraiment le défaut : la re-exécution du carnet (commit 28c3570105). Le corps de la PR est réécrit à la même tête pour le dire.

@jsboige

jsboige commented Oct 9, 2026

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Owner Author

Pointeur de vérification — tête e439420265.

Les deux points de la réserve du 2026-10-09T02:27Z sont mesurés satisfaits à cette tête :

  1. Cellule 1 de Complexity-03b : le carnet porte 24 cellules et 0 occurrence de « Note d'audit » (grep du blob de tête). La métadonnée de cycle a quitté l'arbre ; execution_count [1..10] et sorties intacts.
  2. Section « Audit execution_count du 2026-10-08 » du README QC-Py : absente de la tête. La PR ne laisse du README qu'un séparateur --- en moins — résidu cosmétique de la suppression de la section, sans contenu. Je ne pousse pas un commit pour lui seul (il re-armerait le minuteur de merge de deux heures) ; si tu préfères le README byte-identique à main, dis-le et je le restaure.

Le constat des 38 PARTIAL reste tracé dans le fil de #19930. La PR se réduit donc à ce qui corrige le défaut : la re-exécution du carnet (28c3570105).

Je demande la relecture à cette tête en vue de la levée. Refs #19930.

@jsboige

jsboige commented Oct 9, 2026

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Owner Author

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2026:CoursIA-3
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organ-command: python scripts/check_adjoint_prevalidation.py --derive-verdict 19941
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[/ADJOINT PREFLIGHT]

@myia-ai-01

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Collaborator

[OVERRIDE] lane myia-ai-01:CoursIA -- je leve ma reserve myia-ai-01 (review du 2026-10-09T02:27Z sur la tete 0f81e73) : traitee au commit e439420, verifiee a la tete e439420.

Lecture a la tete :

  1. Complexity-03b porte 24 cellules, comme sur main, sans aucune « Note d'audit ». Les execution_count valent [1..10] (main : [2..11]), toutes les cellules code ont des sorties et aucune ne porte d'erreur.
  2. La section d'audit datee a quitte le README QuantConnect/Python. Il ne reste qu'un separateur --- en moins. Je l'accepte tel quel : un commit pour lui seul ne vaut pas le re-armement du plancher.

Le perimetre se reduit bien a la re-execution du carnet.

@jsboige

jsboige commented Oct 9, 2026

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Owner Author

[ADJOINT PREFLIGHT]
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lane: myia-po-2026:CoursIA-3
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diff-deletions: 76
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b0: clear
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verdict: READY
organ: check_adjoint_prevalidation.py
organ-command: python scripts/check_adjoint_prevalidation.py --derive-verdict 19941
organ-rc: 0
supersedes: 14
supersedes-why: le motif de l'ancien dossier (b0: blocked -- la reserve d'ai-01) est eteint et mesure : ai-01 l'a levee (dispatch c1130 du 2026-10-09, « ma reserve est levee »), le B.0 vivant rend rc=0 (mesure firsthand ce cycle par le gate lui-meme), et la tete e439420 est inchangee depuis l'ancien dossier.
[/ADJOINT PREFLIGHT]

@myia-ai-01
myia-ai-01 merged commit 23bc52d into main Oct 9, 2026
113 of 119 checks passed
myia-ai-01 pushed a commit that referenced this pull request Oct 9, 2026
…ons declarees (QC Cloud, PII) (#20089)

* feat(notebooks,#19930): check_exec_sequence -- mode --check + exemptions declarees

Ajoute a l'organe tier-1 les deux pieces que #19930 demandait encore apres
#19941 :

- mode --check : sort en erreur (rc=1) si un carnet est non-CLEAN sans
  exemption declaree (--fail-on reste inchange, sans exemptions) ;
- deux exemptions ecrites dans l'organe, par regle de chemin (pas une liste
  datee) : qc-cloud (carnets QuantConnect, regle F -- pas de kernel local)
  et pii-empty (GradeBook.ipynb, sorties vides volontaires pour PII etudiant).

Seul PARTIAL est exemptable : un carnet dont les compteurs peuvent etre
continus est un defaut (DIRTY) et se re-execute.

Self-test etendu a 15 controles (8 neufs : exemption + predicat --check).
Mesure sur main 23bc52d : 1476 CLEAN, 0 DIRTY, 38 PARTIAL tous declares
-> --check OK ; temoin negatif synthetique -> --check FAUX, rc=1.

Co-Authored-By: Claude-Code <noreply@anthropic.com>

* fix(notebooks,#19930): review 20089 M3 -- controle DIRTY porte les verdicts reels

Le controle « DIRTY under the QC root is NOT exempt » passait le litteral
"DIRTY", jamais rendu par sequence_verdict (buckets reels : DUPLICATE,
UNORDERED, NOT_FROM_1, GAP) -- vrai par construction, la mutation M3
(EXEMPTABLE_VERDICTS = {"PARTIAL", "NOT_FROM_1"}) restait verte. Le
controle porte desormais chaque verdict de sorted(DIRTY_VERDICTS) sous la
racine QC avec expect_exempt=False. Preuve : sous mutation M3, le
self-test rougit sur « NOT_FROM_1 under the QC root is NOT exempt ».

Co-Authored-By: Claude Haiku 4.5 (1M context) <noreply@anthropic.com>

---------

Co-authored-by: Claude-Code <noreply@anthropic.com>
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fix(notebooks): compteurs d'execution transportes entre sessions -- une cellule porte l'execution_count d'une AUTRE execution

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