fix(ontology,#18658,#18656): re-exec Onto-03/Onto-02 contre l'épingle submodule + datation machine

[jsboige]

Grain: MED/notebook-python -- lane myia-po-2026:CoursIA -- prev: #18654

Closes #18658
Closes #18656
See #18390 (audit EPIC)

Geste

Fiches Ontology_Virtues (#18658) et Ontology_CrossLinks (#18656) de l'audit #18390 : les sorties committées dataient du 30/08 (Virtues) et du 10/07 (CrossLinks) alors que le submodule Argumentum est épinglé à 7cf4861 (26/09) — cinq mouvements amont non rejoués. Les deux carnets se réparent ensemble comme prescrit par les issues.

Tous les chiffres ont été re-mesurés à l'épingle avant d'écrire la prose (git show 7cf4861: + parsing), puis les carnets re-exécutés : les lectures citent les sorties réelles, pas des présupposés.

1. Datation machine (les deux carnets)

Nouvelle cellule code en tête (ids a71c0d92 / b38e1f64) imprimant : git -C Argumentum rev-parse HEAD + date du commit + empreinte sha1 et lignes physiques du CSV (Onto-02) / taille de l'OWL (Onto-03). Le prochain audit lit l'état au lieu de le reconstituer par archéologie.

Sortie réelle : Submodule Argumentum : 7cf486169172 (2026-09-26) · CSV sha1 5ce7a2ec7457, 1546 lignes · OWL 1 095 353 octets.

2. Onto-03 Virtues (27→28 cellules, 10 code)

• Loader rebranché sur l'OWL vivant du submodule (Argumentum/docs/ontology/argumentum_virtues.owl, fallback copie repo ontologies/ si submodule non initialisé — le carnet reste exécutable) ; la source lue s'imprime.
• Lectures chiffrées mises à jour à l'épingle : taille 1 095 353 o (écart 20 027 o = 17 738 CR absorbés par read_text + 2 289 multibytes — l'ancienne prose citait des chiffres inexacts pour l'ancien fichier) ; seeAlso 410→384 ; graphe 3 083→2 897 triplets ; aifAttackType 222→142 par prédicat (mouvement non répertorié par l'audit, mesuré) ; sujets 224→225 (la licence CC BY-SA).
• Notes de lignée couvrant les 5 mouvements (feat(slides-S6): Tweety symbolic AI series presentation (10 notebooks) #1249 casse de 13 IRIs, feat(slides-S6): unified SymbolicAI deck (Tweety + Lean, 24 notebooks) #1252 IRI Walton sanitizés, feat(genai): FT-04 RLHF & DPO alignment notebook (#1385) #1532 −26 seeAlso, couche attack restreinte, feat(lean): prove Conway Nim calibration theorems (sorry 3→0) #1541/chore(catalog): regen after FT-05 notebook merge (#1540) #1542 licence) ; leçon « un IRI est un contrat » en §6.
• Titre §5 (titre du plot Walton) et commentaires code historisés.

3. Onto-02 CrossLinks (26→27 cellules, 12 code)

• §7 réécrite autour de la dé-curation : tableau par relation à l'épingle (PredatesOn 31, Denounces 9, Leverages 295, Allows 56, Opposes 23, Inverts 41, Mirrors 2, IsRelatedTo 82 — TOTAL 539, couverture 487/1408 = 34,6 %, densité 4,8 %) + note de lignée « 10/07 : 1 081 (59,9 %) → 05/09 : 539 (34,6 %), feat(audio): P3 prosodic annotation — FishAudio expressive tags (Epic #1028) #1247/feat(prover): Director context injection — proved lemmas (#1224) #1286 ».
• [14] devenu dynamique : les 4 barres sont recalculées depuis df et les comptes OWL relus dans argumentum.owl du submodule — le pont CSV↔OWL se vérifie, il ne se déclare plus. Découverte honnête : à l'épingle l'OWL ne porte plus aucune AnnotationAssertion crossLink (0, contre 1 977 à l'époque de feat(qc): ESGF kit transitoire - 3 ML/Framework strategies #763) ; attack 145 (87/53/5) et SKOS 116 (64/33/19) concordent CSV↔OWL.
• Markdowns périmés mis à jour ([1] 3e âge, [13] chiffres à l'épingle, [17] honnêteté 116/145/34,6 %, [21] 539/487 — l'exemple Pensée binaire Mirrors survit à l'épingle, vérifié PK 814, [23] 116, [25] conclusion+limitations).

Re-exécution (C.2)

• Onto-03 : kernel python3 = 3.11.9 pile la version de base, 10/10 code, ec 1-10 contigus, 0 erreur.
• Onto-02 : kernel dédié conda 3.10 (3.10.19, base 3.10.11 — même major.minor), 12/12 code, ec 1-12 contigus, 0 erreur.
• C.1 : aucun pattern d'erreur volontaire ; les 6 stubs d'exercices restent inchangés (sorties identiques).

Diff textuel des sorties base → tête, par id de cellule (#18417)

Onto-03 — 4 cellules substantiellement différentes, toutes = mouvements amont documentés :

id	verdict	cause
a71c0d92	NOUVELLE	cellule datation (prescrite)
b5dd1e9b	1→2 sorties	+ « Source lue : submodule » ; taille 1 095 353 ; longueur 1 075 326
171b256b	mineur (0.95)	graphe 3 083→2 897 ; sujets 224→225 (licence)
7b8ad971	mineur (0.87)	seeAlso 410→384 ; aifAttackType 222→142
c01f48b7	2→3 (contenu ratio 0.996)	casse des 13 IRIs (#1249) ; découpage de stream
bd6dafc0	1→3 (contenu identique, ratio 1.000)	découpage de stream uniquement
ada48f7b	SUBSTANTIEL (0.40) + PNG régénéré	noms Walton Argument from Rule→argumentFromRule (14 IRI, #1252) — le delta « invisible dans les agrégats » pointé par l'audit
3 stubs	identiques

Onto-02 — 2 substantielles (le [14] réécrit dynamique + l'AIF SKOS 70→116), le reste = chiffres mesurés :

id	verdict	cause
b38e1f64	NOUVELLE	cellule datation (prescrite)
6c5b3cff	mineur (0.94)	CSV 3 988,9→4 074,8 KB ; dtypes
d9579d62 / f52748f3	PNG régénérés	figures sur nouvelles données
0d1973ae	SUBSTANTIEL (0.40)	AIF SKOS 70→116 (DirectRef 42→86…)
1c85c591	mineur (0.72) + PNG	densité par relation 10/07→épingle
a87dac2e	SUBSTANTIEL (0.08) + PNG	[14] dynamique : valeurs mesurées + comptes OWL
e1ae33de	mineur (0.84) + PNG	top scheme OppositeConsequences→VagueVerbalClassification (60 uniques inchangés)
f98a3f3f	mineur (0.91) + PNG	honnêteté : 70→116, 1 081→539
3 stubs	identiques

Note pour #18652 (bump dependabot → 35a9989)

Mesuré : l'OWL virtues est identique entre 7cf4861 et 35a9989 (1 095 353 o) — le carnet Virtues restera reproductible après bump. Le CSV Fallacies change (2 164 lignes de diff) : la cellule de datation fera apparaître la dérive au prochain audit, c'est son rôle.

Périmètre

2 fichiers notebooks (Argumentation-Onto-03-Vertus-SKOS-Python.ipynb +31/−24 éditées avant re-exec ; Argumentation-Onto-02-CrossLinks-CSV-Python.ipynb idem) — diff sémantique = cellules éditées uniquement, sorties regénérées par exécution réelle. Catalogue non touché. Submodule gitlink inchangé (épingle main).

Provenance papermill — correctif proactif (49bcfc1c76)

Même défaut que celui relevé par ai-01 sur #18755 : la fusion verbatim conservait le metadata.papermill des bases (Onto-03 : 2026-09-22, Onto-02 : 2026-07-10) en ne prenant que sorties/ec des runs réels du 01/10. Corrigé proactivement dès découverte du pattern : timestamps des runs réels restaurés depuis les artefacts papermill (Onto-03 21:59:21→21:59:24 ; Onto-02 22:02:20→22:02:26), paths au basename (exception sanctionnée). Metadata uniquement — aucune sortie éditée à la main.

🤖 Generated with Claude Code

[github-actions]

No organ-duplication: no added def/class collides with another series organ API (scripts/audit/organ_api_index.yaml).

Detector: python scripts/audit/detect_organ_duplication.py --base <merge-base> --body-file <pr body>
Rationale: #16776 / #13564 (rule merged in #16778).

[github-actions]

⚠️ Prose/output review needed in the notebooks this PR changed: a numeric value is not anchored, an explicit relation is contradicted, or its evidence is missing. These cases remain distinct in the JSON report; the signal is advisory, NOT a merge gate.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. Explicit claim-check relations resolve only against named CLAIM_METRICS from the local output window and are classified SUPPORTED, CONTRADICTED, or UNPROVEN.
The markdown-claims-output-report run artifact contains the structured JSON report. See python scripts/check_markdown_claims_output.py --help for re-running locally.
Detector rationale: c.290 / c.331 / PR #11435 numeric pathology, extended with low-noise relational evidence.

[github-actions]

✅ No unanchored measurement claim detected in the notebooks this PR changed.

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. The stale-claim-report run artifact holds the structured JSON.
Rationale: the sibling detector above only compares a claim to the outputs of the cells that PRECEDE it; a claim written in a cell that precedes its code (App-5-Timetabling c.2/c.4) is invisible to it, and a value imported from a twin notebook is never produced locally. See python scripts/check_stale_claims.py --help.

[github-actions]

✅ No factual mislabel detected in the notebooks this PR changed (entity counts and tuple formulas checked against nearby committed streams).

Scope = notebooks CHANGED in this PR, not the whole corpus. The factual-mislabel-report run artifact holds the structured JSON.
Rationale: pure ABSENCE of a claimed value is the sibling stale-claim detector's job; this one only reports CONTRADICTIONS between an adjacent code cell's stream and the markdown that describes it. See python scripts/check_factual_mislabel.py --help.

[github-actions]

Golden-Set Execution (H.7 P3)

✅ 8/8 notebooks passed (certified reproducible)

Notebook	Status	Time
2.1-Workflow-ML.ipynb	✅ SUCCESS	3.3s
2.2-Descente-de-gradient.ipynb	✅ SUCCESS	3.4s
2.3-Regression-lineaire-logistique.ipynb	✅ SUCCESS	4.2s
2.4-Arbres-Forets-Ensembles.ipynb	✅ SUCCESS	4.5s
Search-01-StateSpace.ipynb	✅ SUCCESS	3.4s
SL-1-LogicalLearning.ipynb	✅ SUCCESS	2.2s
rl_4_multi_armed_bandits.ipynb	✅ SUCCESS	17.5s
GameTheory-04c-NashExistence-Python.ipynb	✅ SUCCESS	2.7s

Pinned lockfile: scripts/notebook_tools/golden_set.lock.txt (H.7 P3, axe A #4208)

[github-actions]

Notebook outputs-required (H.4 schema): PASS (every code cell carries an outputs: list)

[github-actions]

Notebook PR Validation: PASS

• Notebooks checked: 2
• Code cells validated: 22
• Result: All passed

Checks: H.1 (no errors), H.3 (execution_count), C.1 (no banned patterns)
Non-Python kernels (.NET/Lean): C.1 + errors only (execution_count advisory)
QuantConnect notebooks: C.1 + errors only (require QC Cloud for execution)

[github-actions]

G-VAR-2/3 GENRE signals (advisory, non bloquant, #10020).
La lane `myia-po-2026:CoursIA` voit ces signaux actifs sur les mergees du jour (UTC 2026-10-01) :

• CAP-EXCEEDED-BY-GENRE : light_genre > cap partage G-VAR-2 (tally : declared=4 genre=4 cap=3)
• NOTE ([variation] Le label est lane-agregat mais PR-attache : le merge-gate peut HOLD le grain de CONTENU qui remedie au motif #10341) : la PR courante est de classe CONTENU (non LIGHT-genre) et ne contribue pas au motif ci-dessus -- les labels agregees ne sont PAS poses sur cette PR (le merge-gate ne doit pas la HOLD pour ce motif ; le coupable est parmi les grains META de la lane).

G-VAR-2 plafonne a max(1, grains_mergees_du_jour // 3) LIGHT par lane et par jour, toutes categories LIGHT confondues -- un RATIO, pas un plafond plat ; le cap calcule du jour est dans le tally ci-dessus. G-VAR-3 interdit deux genres LIGHT consecutifs. Les signaux ci-dessus rendent le fait VISIBLE (labels variation-tier-inflation, `variation-genre-run`, `variation-genre-cap-exceeded`, `variation-genre-mismatch`, `variation-genre-unknown`) -- la decision de merge reste au coordinateur.

[github-actions]

Path-collision (organ #13359/#13615)

Cette PR #18764 (fix(ontology,#18658,#18656): re-exec Onto-03/Onto-02 contre l'épingle submodule + datation machine) touche au moins un chemin de fichier aussi modifie par d'autres PRs ouvertes. Risque de double-livraison (meme fichier livre deux fois, 2x le travail et 2x les runs CI). Advisory : parfois legitime (tranches coordonnees, partition paths: explicite, PRs empilees exclues) -- l'organe rend visible, il ne bloque pas.

• faible -- docs(argument-analysis,#18586): Setup -- prose jars sans compte fixe + table JDK honnete (stamps et normalisation deja sur main) #18614 partage : MyIA.AI.Notebooks/SymbolicAI/Argument_Analysis/Argumentation-Onto-02-CrossLinks-CSV-Python.ipynb, MyIA.AI.Notebooks/SymbolicAI/Argument_Analysis/Argumentation-Onto-03-Vertus-SKOS-Python.ipynb

[jsboige]

[ADJOINT VERIFIED] À la tête eed4227, les deux notebooks ont des sorties exécutées, un périmètre conforme et un PR gate vert. Concurrence de branches : #18614 est aussi OPEN et modifie les deux mêmes carnets. Chacune est CLEAN isolément contre main, mais la mesure git merge-tree --write-tree pr18614 pr18764 a rendu rc=1 avec conflits de contenu sur Onto-02, Onto-03 et Argumentation-05. Le coordinateur doit choisir l'ordre de fusion ; la seconde branche nécessitera résolution consciente et ré-exécution complète des cellules source touchées avant nouvelle attestation. Ce constat n'est pas un défaut intrinsèque des sorties de #18764, mais interdit d'enchaîner les deux merges en se fiant aux seuls états CLEAN individuels.

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2025:CoursIA-2
pr: 18764
head: eed4227
complete: true
body: read
comments-reviewed: 10
reviews-reviewed: 0
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diff-additions: 320
diff-deletions: 169
checks: latest-wins-green
b0: clear
scope: pass
domain: pass
verdict: READY
[/ADJOINT PREFLIGHT]

[jsboige]

[ADJOINT PREFLIGHT]
schema: 1
lane: myia-po-2025:CoursIA-2
pr: 18764
head: eed4227
complete: true
body: read
comments-reviewed: 11
reviews-reviewed: 0
threads-reviewed: 0
threads-unresolved: 0
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b0: clear
scope: pass
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[/ADJOINT PREFLIGHT]