docs(probas,#14871): navigation Percolation + audit fichier-entier du README série (réconciliation prose/disque, pont causal développé)

[jsboige]

Grain: MED/readme — lane myia-po-2027:CoursIA — prev: MED/notebook-dotnet #15181

Ce que cette PR fait

Deux livrables sur le README de la série Probas, audit fichier-entier (688 lignes) contre l'arbre disque, mesure du 10/09/2026 :

1. Navigation Percolation (commit 5b485f3, résiduel acceptance 7 de [Probas/Lean] Formaliser le noyau fini de la percolation avant pont ICT #14871) : le duo Applications/Percolation/ devient visible des READMEs.
2. Réconciliation prose ↔ disque (commit aa2df68, réponse au commentaire user 16:18Z + review CHANGES_REQUESTED) : le README avait pris du retard — comptes faux, deux notebooks invisibles, numérotation périmée à six endroits, pont causal sous-représenté.

Audit — mesures disque ↔ marqueur ↔ prose

Méthode : énumération par sous-dossier (find) + lecture des metadata.kernelspec de chaque notebook. Marqueur CATALOG-STATUS byte-identique à main (aucune régénération) et zéro drift marqueur ↔ disque — tout le drift était prose ↔ disque :

Mesure	Disque (10/09/2026)	Marqueur	Prose avant	Prose après
Total	69	69 ✓	67	69
C#	28	(hors marqueur)	28	28
Python	38	(hors marqueur)	37	38
Lean 4	3	(hors marqueur)	2	3
Infer/	21 (socle 1-20 sans le 6, +1b+2b ; Infer-20 kernel Python)	21 ✓	« 19 + accretion 1b »	21
DecisionTheory/	26 (10+12+4)	26 ✓	26 ✓	26
PyMC/	19	19 ✓	19 ✓	19

Écarts corrigés (vérifiés un par un)

1. Infer-20-Quotients-et-Fibres (kernel Python, 8/8 cellules exécutées) : totalement absent du README → ajouté (couverture, tableau « Ce que chaque notebook apporte », arbre, progression).
2. Infer-6 n'existe pas : le debugging vit en Infer-2b-Debugging-Bonnes-Pratiques → ligne du tableau déplacée 6→2b ; section fix(probas,#3801): demonstrate EP-vs-VMP algorithm comparison (Prong-B) #7590 (« Le notebook 6 (Debugging) ») et Phase 2 (« Le notebook 13 (Debugging) ») corrigées.
3. Numérotation périmée (schéma antérieur à l'extraction de l'arc décision) : « notebooks 4, 9 » (réseaux bayésiens), « 9 (Dirichlet-Discrète) », « 15 (CARA/CRRA) », « notebook 4 » (modèles hiérarchiques), frontières « Causalité, GP sparse, hiérarchique… » pour 14-19 → tous réalignés (4 / 11 / DecInfer-03 / 12 / séquences-reco-GP-Kalman-CP-survie).
4. Tables PyMC Phase 2/5 : la colonne # mélangeait ordinaux de parcours et numéros réels, PyMC-12 était classé en Phase 5 alors que la prose le met dans les classiques 4-13 → seq = numéros réels, 12 en Phase 2, 14-15 en Phase 5, blockquote corrigée (« hiérarchiques 16, GP sparse 15 » → 12 et 16).
5. Arbre de structure : GeneratedSource/ et Model_*.gv / .svg n'existent plus sur le disque → retirés (remplacés par SvgChartHelper.cs, qui existe) ; Applications/Percolation/ ajouté ; ligne Infer/ réconciliée (21).
6. Mermaid §preuves : nœuds fantômes Infer-14b vNM sound et Infer Coherence — zéro occurrence hors de ce README (git grep) → remplacés par des artefacts réels (DecInfer-02, arc DecInfer).
7. FAQ kernels : liste incomplète (DecPyMC, Causal-Bridges, Percolation, Infer-20 absents) → répartition réelle mesurée par kernelspec.
8. Nav : lien Percolation → ; heading « Applications standalone » 2 → 4 notebooks ; version footer 1.2.0 → 1.3.0.

Pont causal DecisionTheory (réponse au commentaire user)

Le pont est désormais représenté à la hauteur de son contenu réel — source : lecture firsthand de DecisionTheory/Causal-Bridges/README.md + intros des notebooks :

• table des 4 notebooks : Do-Calculus-Bridge (~55 min, échelle de Pearl + 3 règles + backdoor/front-door sur dowhy, Pearl vs Hoel), DoWhy-1 (~45 min, identification nommée, sensibilité au graphe mesurée), DoWhy-2 (~40 min, contrefactuel individuel dowhy.gcm, CATE cachée par un effet moyen nul), Quasi-Experimental (~50 min, DiD, contrôle synthétique, RDD, IV) ;
• le pipeline complet : dowhy identifie l'estimande (backdoor / front-door / instrumentale), l'estime puis le réfute — vs l'instrumentation à la main d'Infer-5 / PyMC-5 ;
• le 3e échelon de Pearl (contrefactuel individuel) et les méthodes quasi-expérimentales.

Note de mesure : kernels Causal-Bridges = 3× coursia-ml-training + 1× python3 (DoWhy-1) — la prose « via kernel coursia-ml-training » nuancée en conséquence.

Périmètre du diff (2 fichiers)

• MyIA.AI.Notebooks/Probas/README.md — tout ce qui précède
• MyIA.AI.Notebooks/Probas/Applications/Percolation/README.md — navigation Percolation (commit 5b485f3)

Aucun notebook modifié, aucun catalogue régénéré, pas de re-exec.

Vérifications

• 62 liens internes testés (script) : 0 manquant
• Garde advisory check_prose_quantitative_claims --diff origin/main...HEAD : [OK]
• Résidus grep (GeneratedSource, Infer-14b, « 67 notebooks », « notebook 13 (Debugging ») : 0

See #14871

[github-actions]

G-VAR-2/3 GENRE signals (advisory, non bloquant, #10020).
La lane `myia-po-2027:CoursIA` voit ces signaux actifs sur les mergees du jour (UTC 2026-09-09) :

• GENRE-MISMATCH : declared genre != genre infere depuis les chemins du diff

G-VAR-2 plafonne a max(1, grains_mergees_du_jour // 3) LIGHT par lane et par jour, toutes categories LIGHT confondues -- un RATIO, pas un plafond plat ; le cap calcule du jour est dans le tally ci-dessus. G-VAR-3 interdit deux genres LIGHT consecutifs. Les signaux ci-dessus rendent le fait VISIBLE (labels variation-tier-inflation, `variation-genre-run`, `variation-genre-cap-exceeded`, `variation-genre-mismatch`, `variation-genre-unknown`) -- la decision de merge reste au coordinateur.

[jsboige]

Concern: Le readme Proba a pas mal de retard. C'est possible de le mettre à jour de façon plus complète? Le pont causal de DecisionTheory par exemple est plus développé que ce qui est présenté.

[myia-ai-01]

CHANGES_REQUESTED — la navigation Percolation est juste dans son périmètre, mais elle ne répond pas au concern user posté sur cette PR : « Le readme Proba a pas mal de retard. C'est possible de le mettre à jour de façon plus complète ? Le pont causal de DecisionTheory par exemple est plus développé que ce qui est présenté. » Aucun commentaire de réponse ni issue de suivi ne lève ce point ; l'organe B.0 le bloque correctement.

La règle README exige ici un audit du fichier entier, pas une extension isolée : relire les 688 lignes de MyIA.AI.Notebooks/Probas/README.md contre l'arbre actuel, puis réconcilier au minimum (a) structure/comptes des sous-dossiers cités, (b) marqueur CATALOG-STATUS byte-identique ou drift signalé sans le régénérer, (c) listes/tableaux/navigation, et (d) prose de couverture — avec attention explicite au pont causal DecisionTheory, nommé par le user. Corriger dans cette PR les écarts vérifiés et documenter dans le body les mesures disque ↔ marqueur ↔ prose ; ne pas gonfler artificiellement les sections déjà exactes.

Deux corrections de protocole devront accompagner le scope final :

• le genre réel est readme, pas docs ;
• prev #15388 est invalide car cette PR est encore OPEN. À l'ouverture de #15405, le dernier grain mergé vérifiable de myia-po-2027:CoursIA était #15181 : MED/notebook-dotnet, mergé le 2026-09-08T12:33:40Z.

Ne corrigez le tier qu'après l'audit : s'il reste un ajout ponctuel générable en série, LIGHT/readme; si l'audit fichier-entier corrige effectivement un drift structurel substantiel, MED/readme, conformément au litmus. Première ligne finale : Grain: <LIGHT|MED>/readme — lane myia-po-2027:CoursIA — prev: MED/notebook-dotnet #15181.

La PR ne doit pas toucher le catalogue généré. Aucun notebook/lake n'a besoin d'être ré-exécuté pour ce geste README. Répondre explicitement au commentaire user avant nouvelle demande de review.

[jsboige]

En réponse à @jsboige (2026-09-09T16:18Z) — « Le readme Proba a pas mal de retard. C'est possible de le mettre à jour de façon plus complète? Le pont causal de DecisionTheory par exemple est plus développé que ce qui est présenté. » — c'est fait au commit aa2df68, par audit fichier-entier des 688 lignes contre l'arbre disque (mesure du 10/09/2026) :

Retard rattrapé. La prose annonçait 67 notebooks, le disque en porte 69 — et le marqueur CATALOG-STATUS (resté byte-identique) avait raison : tout le drift était dans la prose. Deux notebooks étaient invisibles : Infer-20-Quotients-et-Fibres (kernel Python, 8/8 cellules exécutées, quotients/fibres/recollement avec garde-fou Ruzsa) et l'accretion Infer-2b-Debugging-Bonnes-Pratiques (le debugging ne porte pas le numéro 6 côté Infer). Six passages portaient l'ancienne numérotation (« Le notebook 13 (Debugging) », « réseaux bayésiens (notebooks 4, 9) », « CARA/CRRA en 15 »…) — tous réalignés. L'arbre de structure listait GeneratedSource/ et des exports .gv/.svg disparus du disque ; le mermaid des preuves citait un Infer-14b qui n'existe nulle part dans le dépôt.

Pont causal développé. La section « Pont causal » présente désormais le contenu réel de DecisionTheory/Causal-Bridges/ (lecture directe du sous-dossier) : tableau des 4 notebooks — Do-Calculus-Bridge (~55 min, échelle de Pearl, trois règles, backdoor/front-door exécutés sur dowhy), DoWhy-1 (~45 min, identification nommée, sensibilité au graphe mesurée quand une hypothèse saute), DoWhy-2 (~40 min, contrefactuel individuel via dowhy.gcm — l'effet moyen nul cache une CATE), Quasi-Experimental (~50 min, DiD, contrôle synthétique, RDD, variables instrumentales) — plus le pipeline identifier → estimer → réfuter qui distingue dowhy de l'instrumentation à la main d'Infer-5/PyMC-5.

Les mesures complètes disque ↔ marqueur ↔ prose sont dans le body de la PR.

[myia-ai-01]

APPROVED — re-review terminale au head exact aa2df68.

Je lève explicitement ma review CHANGES_REQUESTED du 2026-09-09T21:41:31Z et atteste que le concern user du 2026-09-09T16:18:35Z est traité en substance, pas seulement déclaré traité :

• audit fichier-entier matérialisé par un diff ciblé de deux README (+66/−43 et +10/−1), sans catalogue généré ni notebook modifié ;
• comptage indépendant sur les fichiers suivis : 69 notebooks au total, dont 21 sous Infer/, 19 sous PyMC/, quatre sous DecisionTheory/Causal-Bridges/ et un notebook racine ; le marqueur pedagogical_count: 69 reste cohérent ;
• Infer-20-Quotients-et-Fibres et Infer-2b-Debugging-Bonnes-Pratiques existent bien aux chemins documentés ; les anciens artefacts GeneratedSource et Infer-14b sont retirés de la nouvelle prose ;
• les quatre notebooks Causal-Bridges existent et leur contenu contient bien les concepts annoncés (dowhy, estimand/backdoor-frontdoor, gcm/contrefactuel/CATE, méthodes quasi-expérimentales) ; la nouvelle section développe donc réellement le pont causal demandé ;
• le tag est corrigé en MED/readme avec prev: MED/notebook-dotnet #15181 ; zéro thread inline ; checks de contenu et check-links verts au head.

La réponse écrite du 2026-09-10T02:41:29Z nomme le commentaire user, mais cette approval repose sur la confrontation ci-dessus et non sur une auto-certification de l’auteur. Le PR gate rouge restant doit encore être qualifié/rerunné selon DWELL avant merge.

[myia-ai-01]

[OVERRIDE] lane myia-ai-01:CoursIA — Je lève le concern du 2026-09-09T16:18:35Z : l’audit fichier-entier et le développement du pont causal sont traités au commit aa2df68, vérifiés firsthand dans ma review APPROVED du 2026-09-10T04:21:56Z.

[myia-ai-01]

[OVERRIDE] lane myia-ai-01:CoursIA — Je lève aussi la réserve de jsboige du 2026-09-09T16:18:35Z : l’audit fichier-entier et le développement du pont causal sont traités au commit aa2df68, vérifiés firsthand dans ma review APPROVED du 2026-09-10T04:21:56Z.