tooling(quarto): regen_quarto_render.py duplique les chemins en conflit quand il tourne pendant un merge -- et --check auto-certifie le resultat #20055

Le fait

Lance sur un index qui porte encore des entrees non fusionnees (c'est-a-dire pendant un merge non resolu), scripts/regen_quarto_render.py duplique chaque chemin conflite, puis --check auto-certifie le resultat en rendant rc=0.

La cause est dans l'enumeration : l'organe lit l'arbre par git ls-files (scripts/regen_quarto_render.py:281, :318, :338, :375). Or git ls-files emet un chemin non fusionne une fois par stage d'index (1 = base, 2 = ours, 3 = theirs).

Reproduction minimale (7 commandes, hors du depot)

git init -q -b main && cd "$(mktemp -d)"   # dans un dossier jetable
git config user.email t@t; git config user.name t
printf 'A\n' > README.md; git add -A; git commit -qm base
git checkout -qb side; printf 'SIDE\n' > README.md; git add -A; git commit -qm side
git checkout -q main; printf 'MAIN\n' > README.md; git add -A; git commit -qm main
git merge side            # -> CONFLICT (content): Merge conflict in README.md
git ls-files --unmerged   # -> 3 lignes (stages 1, 2, 3) pour le meme chemin
git ls-files '*README.md' # -> README.md, README.md, README.md

Mesure du 2026-10-09, arbre de travail de la lane myia-po-2023:CoursIA-2 :

$ git ls-files --unmerged | head
100644 f70f10e4db... 1	docs/README.md
100644 e5cdc04390... 2	docs/README.md
100644 713f333fa6... 3	docs/README.md

$ git ls-files '*README.md'        # motif exact de l'organe
docs/README.md
docs/README.md
docs/README.md

Le cout mesure

Sur la PR #19830 de la lane myia-po-2023:CoursIA, un commit de merge a laisse deux entrees en double, presentes trois fois chacune, dans project.render :

• MyIA.AI.Notebooks/SymbolicAI/Lean/README.md et MyIA.AI.Notebooks/SymbolicAI/Lean/ANALYSE/ANALYSE-04-PFR-Primitives-Python.ipynb — 3 fois ;
• compteurs gonfles a 530 READMEs / 1504 carnets (au lieu de 528 / 1502).

Le fichier est passe la CI : regenere sur le meme index non resolu, il se reproduit a l'identique, donc --check rend rc=0. La duplication de l'organe est un point fixe de sa propre verification. Elle n'a ete vue qu'a la main, en comparant le nombre d'entrees dupliquees entre PRs de la lane (toutes a 1, #19830 a 3).

Ce que cette issue demande

1. Refuser de tourner sur un index non resolu. Avant d'enumerer, interroger git diff --name-only --diff-filter=U (ou git ls-files --unmerged) : si non vide, sortir en erreur avec la liste des chemins en conflit — un artefact genere sur un arbre en cours de fusion n'a pas de sens, et le produire en silence est pire que ne rien produire.
   • Alternative moins bonne mais suffisante : dedupliquer l'enumeration (sorted(set(...))). Elle rend un fichier correct mais masque l'etat ; preferer le refus explicite.
2. Rendre --check capable de voir la duplication : au minimum, refuser une liste qui porte la meme entree deux fois (« entree dupliquee : X »), au meme titre qu'une entree manquante. Un --check vert sur un fichier duplique est un faux vert.
3. Ne pas confondre avec la duplication preexistante sur main : docs/reference/branch-cleanup-manifest.README.md figure legitimement deux fois dans _quarto.yml de main (un nom X.README.md matche a la fois le glob *README.md des READMEs et celui des docs). La garde du point 2 doit donc distinguer « duplique dans la meme section » de « present dans deux sections differentes », ou n'agir que sur le premier cas.

Ce que cette issue n'est PAS

Ce n'est pas #19895 (la liste derive sur main sans garde), ni #11451 (exclusion des documents a separateur ---), ni #18911 / #18422 / #18423 (defauts de contenu du rendu). Ici, l'organe fait bien son travail sur un arbre propre : le defaut n'existe que pendant un merge non resolu, et c'est precisement l'instant ou chaque lane le lance.

Part of #19895.

Mesure princeps : PR #19830 (reparation du 2026-10-09, tete b0a24fde2f), lane myia-po-2023:CoursIA-2. Meme defaut observe et corrige sur #19493, #19504, #19537.