[audit README Part4] Inversion Eukaryote/Islands — 5 occurrences dans le README MGS #18879

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"title": "[audit README Part4] Inversion Eukaryote/Islands — 5 occurrences dans le README MGS",
"body": "## Constat\n\nDans MyIA.AI.Notebooks/Search/Part4-Metaheuristics/README.md, la primitive Eukaryote (MGS-3) est présentée à tort comme une partition de la population, alors qu'il s'agit d'une partition des gènes (chromosomes composites). Inversement, Islands (MGS-4) est la partition de la population en sous-populations semi-isolées, mais la lecture en diagonale laisse penser le contraire.\n\n## Vérification first-hand contre les notebooks sources\n\nJ'ai lu les premières cellules de MGS-03-Eukaryote.ipynb et MGS-04-Islands.ipynb pour trancher :\n\nMGS-3 Eukaryote (cell #0 markdown, lignes 1-3) :\n> "le concept d'eukaryote : des individus multi-chromosomes dont chaque partie est evoluee independamment"\n> "EukaryoteChromosome pour decouper un genome en sous-chromosomes (caryotype)"\n> "configurer des sous-populations isolees avec des strategies differentes"\n\nLecture par strate :\n- Niveau 1 — gènes : un individu = un EukaryoteChromosome qui découpe un génome en sous-chromosomes (analogie du caryotype). C'est la partition des gènes.\n- Niveau 2 — population : ensuite, on peut attacher une métaheuristique différente par sous-chromosome, ce qui revient à faire évoluer des sous-populations parallèles (chaque sous-chromosome a sa population). Mais c'est un effet de bord de la partition des gènes, pas la définition.\n\nMGS-4 Islands (cell #0 markdown, lignes 1-3) :\n> "le modele insulaire : structuration spatiale d'une population en sous-populations semi-isolees"\n> "IslandPopulation et IslandMetaHeuristic pour partitionner une population en iles"\n\nLecture : Islands = partitionner la population en îles qui échangent par migration. Aucun découpage de gène n'est impliqué.\n\n## 5 occurrences dans le README\n\nL'inverse est asserté à 5 endroits dans le README :\n\n| Ligne | Contexte | Texte actuel (extrait) | Problème |\n|---|---|---|---|\n| L20 | Pourquoi cette partie — motivations | "sous-populations spécialisées (Eukaryote), migration entre îles (Islands)" | Eukaryote n'est pas une sous-population, c'est une partition de génome. |\n| L41 | Objectifs d'apprentissage n°3 | "Structurer une population en sous-populations spécialisées (Eukaryote) ou en îles migratoires (Islands)" | L'attribution à la « population » est inversée. |\n| L52 | Table des notebooks, ligne MGS-3 | "Sous-populations spécialisées | chromosomes composites, partitionnement" | "Sous-populations" comme concept-clé est faux (MGS-3 parle de gènes) ; le bon concept-clé est "Multi-chromosomes" ou "Partition des gènes". |\n| L90 | Bloc mermaid W2 (arc pédagogique) | "MGS-3 — Eukaryote (sous-populations)" | Mauvais niveau. |\n| L318 | Ce que vous avez appris, §2 | "le modèle eucaryote (sous-populations spécialisées portées par des chromosomes composites) et le modèle insulaire (îles migratoires)" | Cas mixte : le sens y est correct (les chromosomes composites portent les sous-populations) mais la formulation prêtera à confusion. |\n\n## Périmètre\n\nInvestigation, pas un PR de fix tout fait :\n\n1. Confirmer la sémantique côté code source (sous-module MetaGeneticSharp/src/MetaGeneticSharp.Domain/) : EukaryoteChromosome, EukaryoteMetaHeuristic, IslandPopulation, IslandMetaHeuristic. Lecture des fichiers de classe pour vérifier qui fait quoi. La lecture des notebooks est cohérente avec la thèse du user, mais le code est l'arbitre.\n2. Rechercher d'autres contre-sens dans le même README et dans MGS-vs-mealpy/README.md (sous-fichier localisé) — j'ai scanné mécaniquement les lignes qui croisent Eukaryote/Island avec population/chromosome/gène, 5 occurrences trouvées toutes du même type ; un audit manuel des autres primitives (Match, Container, Scoped, RotatedFitness, ShiftedFitness, etc.) est à faire.\n3. Décider la formulation de remplacement :\n - Option A — conserver "sous-populations" mais en l'attribuant à Islands : "sous-populations semi-isolées (Islands), gènes multi-chromosomes (Eukaryote)".\n - Option B — employer des termes neutres et justes : "caryotype multi-chromosomes (Eukaryote), sous-populations migratoires (Islands)".\n4. PR de correction : un seul PR README-only, scope borné, après décision de la formulation.\n\n## Pourquoi c'est un audit README (pas un fix automatique)\n\n- L'inversion est didactique : un lecteur qui suit le fil MGS-3 → MGS-4 dans l'ordre des notebooks ne sera pas perdu, parce que les notebooks eux-mêmes sont corrects. Mais un lecteur qui survole le README (ou qui le parcourt en isolation, par exemple pour décider si la Partie 4 l'intéresse) absorbe l'inversion et l'emporte avec lui. C'est l'archétype du défaut qu'un audit README détecte mais qu'aucun test CI ne rougit.\n- Refaire le PR sans investigation préalable risquerait d'imposer une terminologie que la sémantique code ne supporte pas. Mieux vaut ground-truth d'abord.\n\n## Acceptance\n\n- [ ] Lecture source MetaGeneticSharp/src/MetaGeneticSharp.Domain/Chromosomes/EukaryoteChromosome.cs et .../Populations/IslandPopulation.cs (ou équivalent) — verdict sur la sémantique (qui fait quoi).\n- [ ] Audit MGS-vs-mealpy/README.md pour le même type d'inversion (la campagne compare des métaheuristiques et peut réutiliser la terminologie Eukaryote/Island).\n- [ ] Décision sur la formulation de remplacement (option A ou B ci-dessus, ou une troisième).\n- [ ] PR de correction README, scope borné, 5 lignes modifiées.\n\n## Notes\n\n- Conformité CLAUDE.md §E : la documentation primaire est en français, OK.\n- Conformité readme-french-first.md : le README est déjà en français, donc pas de bascule *.en.md à prévoir.\n- Conformité C.2 : aucun notebook à modifier, donc pas de re-exécution Papermill requise.\n- Conformité §B audit cross-source-distillation : la sortie d'audit va dans cette issue, pas dans un *_AUDIT.md commité. Cf règle HARD 1 : pas de rapport d'audit dans l'arbre.\n\nRef tag : Grain: LIGHT/audit-readme — investigation + petit PR README de quelques lignes. ~1-2 cycles worker.",
"labels": ["audit", "documentation", "readme"]
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