Paper_Rec

A Research Operating System for Literature & Experiments

面向科研闭环的文献检索 · 阅读 Wiki · 实验沙箱 · 研究主线 · 写作诚信闸门

Discover · Annotate · Experiment · Verify · Remember

从自然语言问题出发，完成多源文献检索与结构化报告；
在自研 Wiki 中阅读、标注与沉淀；
用研究主线（Cognitive Thread）串联假设 / 证据缺口 / 实验；
用实验沙箱做方案验证与训练闭环，并把指标与曲线写回知识库；
在出稿前用数值硬闸 / 引用 / 图审 / 综述审计挡住幻觉结果。

Claude Code · Codex · OpenClaw · Cursor · MCP · 及其他可加载 Markdown Skill 的 Agent 运行时

快速开始 · 演示 · 闭环 · 能力 · 命令 · 诚信闸门 · 架构 · 文档 · 贡献

演示

以研究生一周工作流为主线的 Wiki 宣传片（含中文旁白）。

GitHub README 不能直接播放仓库内相对路径的 MP4，因此这里用可内嵌的动图预览；完整有声成片请用下方链接下载或用 <video> CDN 地址打开。

有声 MP4（推荐）：下载 / 浏览器打开
仓库路径：docs/promo/out/paper-rec-grad-demo.mp4（请用系统播放器打开，勿依赖 GitHub 文件页预览）
双栏研读截图 · 口播与分镜 · 宣传物料

检索入库 → 双栏挂证据 → 主线 Delta → 实验硬闸 → 诚信写作——本地 Git 真源可回滚。

研究闭环

把「找论文 → 挂主线 → 读论文 → 做实验 → 校核写作 → 记结果」收成一条可复现管线：

flowchart LR
  A["/query_*<br/>多源检索"] --> T["Thread<br/>关联 · brief"]
  T --> B["sync-report --thread<br/>入库 Wiki"]
  B --> C["阅读 · /ppt · screen-next<br/>claim / evidence"]
  C --> D["/exp_* · exp-tree<br/>分析 · 训练 · 评估"]
  D --> G["/draw · fig-review<br/>论文级图表"]
  D --> V["number-verify<br/>hard-gate · stats"]
  G --> V
  V --> E["sync-exp · latex-export<br/>/rebuttal · 草稿回写"]
  E --> F["Wiki · 主线<br/>可追溯产物"]

Stage	What happens
Retrieve	Query 改写 → 多源召回 → prerank / RRF → 打分排序 → 结构化报告
Thread	假设 / claims / gaps；`research-brief`；Thread-conditioned 关联度 R + ledger gate
Curate	每篇独立 `README.md` · 评分/状态 · `screen-next` 主动筛选 · 知识图谱
Experiment	Badcase 聚类 → Predict-then-Verify → mini-verify → 训练/评估 → `exp-tree` / `repro-check`
Verify	`gather-evidence` → `answer-ground`；`number-verify --hard-gate`；`stats-rigor`；`fig-review`；`claim-ledger`
Persist	Loss / 指标 / `findings.md` 与 `paper_refs` 同步至 Wiki；可选 `latex-export --hard-gate`

核心能力

Literature Skill

paper-rec · v1.18

/query_english · /query_chinese · /query_other
/ppt 精读→组会PPT（三层 QA · Thread 挂钩）· /rebuttal（venue 族 · 实验分诊 · 硬闸）
Module 0 clarify · research-brief · 1.5 / 2.5 主线注入
arXiv · OpenAlex · HF · GitHub · PwC · CCF…
覆盖反思 · 发现饱和 · 主动筛选 · 新颖性熔断
公众号发布 → 独立模块 skill-wxmp /wxmp

skill/README.md

Experiment + Draw + Lab

exp-sandbox · plot-draw · multi-agent-lab

/exp_* 沙箱闭环 · /labnote* 智能实验笔记 · /draw 出图
/lab · /lab_run · /lab_status 多 Agent 编排
Brain 分发 + fast/standard/deep 模型分级
Accept 硬闸后再写作

skill-exp · skill-draw · skill-agents · skill-wxmp

Cognitive Thread

研究主线

假设 · claims · evidence gaps
Watch / Delta · claim 闸门
Wiki /threads · 图谱节点
Thread Memory MCP · research-session

docs/THREAD_DESIGN.md · docs/MCP.md

Reading Lab + Integrity

Wiki · writing gates

FastAPI + Vue3 · Git Markdown
数值硬闸 · 引用校验 · 图/综述审计
交互式曲线（Chart.js）

docs/ARCHITECTURE.md · writing-gates

Slash Commands

paper-rec

Command	Role
`/query_english`	全英文报告
`/query_chinese`	全中文报告
`/query_other`	随输入语言自适应
`/ppt` · `/ppt slides+fig`	精读 → 组会 Marp/PPTX（三层 QA · 讲稿）
`/rebuttal` · `venue:`	审稿回复（venue 族 · 实验分诊 · SAFETY_GATE）
`/wiki` · `/wiki week` · `/wiki start`	库内列表 / 本周 / 启动 UI
`/wiki thread` · `/wiki thread <id>` · `/wiki thread delta`	研究主线列表 / 详情 / Delta
`/draft` · `/wiki thread draft`	多章 Markdown 草稿包
`/wiki` + bridge CLI	见下「写作与诚信闸门」与 Skill 全表

Query 可加前缀：thread:<id> ...；全自动检索可用 /query_* auto。

wxmp-draft（独立 · 非 paper-rec）

Command	Role
`/wxmp note` · `/wxmp draft`	读书笔记 → 微信公众号草稿箱
`/wxmp publish`	正式发布（慎用；默认人工后台点发）

详见 skill-wxmp/README.md。

exp-sandbox

Command	Role
`/exp_analysis` [`train`\|`eval`]	训练/测试集与 badcase 分析（含 `/draw` 出图）
`/exp_training`	训练监控；曲线按 `/draw` 规范导出
`/exp_eval`	指标对照 `target_score` + 对比图；写 `metrics/summary.json`
`/exp_loop`	分析 → 方案 → 清洗验证 → 训练 → 评估 → 迭代（更新 `exp-tree`）
`/labnote` · `/labnote_loop`	智能实验笔记：调研→决策→验证（H→E→F · 预锁判定条 · 硬闸）

配套 CLI：exp-eval-hook · exp-tree · repro-check · exp-reflect · labnote（经 wiki_bridge）。

plot-draw

Command	Role
`/draw` [`chart_id?`]	数据路径 + 描述 → 自动/指定图表（PDF+PNG）
`venue:` / `--venue`	`cvpr` · `icml` · `neurips` · `acl` · `nature`

出图后建议：fig-review --draft ... --emit-vlm-prompts（可选填入 VLM JSON）。

multi-agent-lab

Command	Role
`/lab`	说明角色表与模型分级；补齐目标
`/lab_run`	创建 `content/lab/<id>/` + 默认 TaskCards
`/lab_status`	查看 stage / ready 任务 / 推荐 tier

角色：Brain · Retrieve · Plan · Verify · Experiment · Accept · Write（+ Critique · Reflect · Draw）。详见 skill-agents/README.md。

写作与诚信闸门

出稿 / 导出前建议按序跑（详见 skill/references/writing-gates.md）：

cd packages/wiki-bridge
pip install -e .

# 1) 实验数值登记 + Results 硬闸（空 registry 或未登记浮点 → BLOCK）
python -m wiki_bridge.cli number-verify `
  --wiki-root ../.. --thread <id> --exp-dir ../../content/exp/<exp> `
  --hard-gate --write-registry --strict

# 2) 统计表述（± / CI / seeds）
python -m wiki_bridge.cli stats-rigor --wiki-root ../.. --thread <id> --strict

# 3) 引用与 claim
python -m wiki_bridge.cli citation-verify --bib refs.bib --write-filtered
python -m wiki_bridge.cli claim-ledger --wiki-root ../.. --thread <id> --strict
python -m wiki_bridge.cli posthoc-cite --wiki-root ../.. --thread <id> --evidences-json evs.json

# 4) 图一致性（结构 + 离线语义；可选 --vlm-json）
python -m wiki_bridge.cli fig-review --draft draft.md --emit-vlm-prompts --strict

# 5) 综述草稿 + 引文审计
python -m wiki_bridge.cli survey-draft --json papers.json --topic "..." --out related.md --strict

# 6) 接地问答：先打分再展开引用；反馈后再检索
python -m wiki_bridge.cli gather-evidence --question "..." --documents docs.json --out evs.json
python -m wiki_bridge.cli answer-ground --answer "..." --evidences-json evs.json --relevance-cutoff 3.0
python -m wiki_bridge.cli feedback-edit --question "..." --answer-file ans.md `
  --evidences-json evs.json --candidates-json pool.json

# 7) 导出（可再绑硬闸）
python -m wiki_bridge.cli latex-export --wiki-root ../.. --thread <id> `
  --venue neurips --exp-dir ../../content/exp/<exp> --hard-gate

Gate	CLI	Blocks when
Results 硬闸	`number-verify --hard-gate`	Results 浮点不在 `verified_registry` / registry 为空却有数值主张
统计严谨	`stats-rigor`	单点浮点主张缺少 ±/CI/seeds 等线索
引用诚信	`citation-verify` · `claim-ledger`	幻觉 BibTeX / 无 cite 的实质 claim
图一致性	`fig-review`	缺 caption、孤儿引用、题文极性冲突（+ 可选 VLM）
综述审计	`survey-draft --strict`	子节 cite 与摘要不支撑
接地问答	`gather-evidence` · `answer-ground` · `feedback-edit`	低相关 chunk / 无证据 / 需补检索

完整 /wiki 子命令表见 skill/SKILL.md。

快速开始

① 一键安装（推荐）

# Windows
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File scripts/install.ps1
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File scripts/start-wiki.ps1

# macOS / Linux / Git Bash
chmod +x install.sh scripts/start-wiki.sh
./install.sh
./scripts/start-wiki.sh

可选：pip install pymupdf（PDF 上传/OA 拉取解析）。Unpaywall 礼貌池：UNPAYWALL_EMAIL 或 OPENALEX_EMAIL。

Docker（可选）：docker compose up --build → API :8787 + Web :5173。

MCP 一键配置（默认 dry-run，加 -Apply 写入）：

powershell -ExecutionPolicy Bypass -File scripts/configure-mcp.ps1
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File scripts/configure-mcp.ps1 -Apply
# 或: paper-rec-configure --apply

详见 docs/MCP.md。

② 安装 Skills（跨平台）

mkdir -p .agents/skills/paper-rec .agents/skills/exp-sandbox .agents/skills/plot-draw .agents/skills/multi-agent-lab .agents/skills/wxmp-draft
cp -r skill/* .agents/skills/paper-rec/
cp -r skill-exp/* .agents/skills/exp-sandbox/
cp -r skill-draw/* .agents/skills/plot-draw/
cp -r skill-agents/* .agents/skills/multi-agent-lab/
cp -r skill-wxmp/* .agents/skills/wxmp-draft/

/query_chinese thread:mm-llm-alignment 多模态大模型对齐的最新进展
/wiki thread mm-llm-alignment
/draw
data: content/exp/demo-ocr-handwriting-v1/metrics/curves.json
desc: train_loss 与 val_F1 曲线
venue: cvpr

③ 启动 Wiki

powershell -ExecutionPolicy Bypass -File scripts/start-wiki.ps1

Service	Endpoint
Web	http://127.0.0.1:5173/ · 研究主线 · 实验
API	http://127.0.0.1:8787/api/health · `/api/threads` · `/api/exp`

④ 主线 · 报告入库 · 实验回写

cd packages/wiki-bridge && pip install -e .

# 创建研究主线
python -m wiki_bridge.cli thread-create \
  --wiki-root ../.. \
  --title "多模态对齐" --id mm-llm-alignment \
  --hypothesis "..." --keywords "multimodal,alignment"

# 文献报告 → 论文库（并写入主线 ledger）
python -m wiki_bridge.cli sync-report \
  --wiki-root ../.. \
  --report ./examples/sample_report.json \
  --mode query_chinese --mark-reading \
  --thread mm-llm-alignment

# 实验结果 → content/exp + Wiki「实验」+ 挂主线
python -m wiki_bridge.cli sync-exp \
  --wiki-root ../.. \
  --report ./examples/sample_exp_report.json \
  --thread mm-llm-alignment

# 评估指标落盘 → 可选 number-verify
python -m wiki_bridge.cli exp-eval-hook \
  --exp-dir ../../content/exp/<id> \
  --metrics-json eval_metrics.json \
  --target-metric F1 --target-threshold 0.85

# Watch / Delta
python -m wiki_bridge.cli thread-delta --wiki-root ../.. --id mm-llm-alignment --mode auto

# 主线模板市场
python -m wiki_bridge.cli thread-template-list --wiki-root ../.. --seed
python -m wiki_bridge.cli thread-template-import --wiki-root ../.. --template rag-evaluation

⑤ Thread Memory MCP（可选）

cd packages/thread-mcp && pip install -e .
# 一键写入客户端配置（推荐）
paper-rec-configure --apply
# 或见 docs/MCP.md · packages/thread-mcp/README.md

延迟调研会话（gather → 稍后 write_report）：

python -m wiki_bridge.cli research-session --wiki-root ../.. --action create --topic "..." --sources-json papers.json
python -m wiki_bridge.cli research-session --wiki-root ../.. --action write-report --research-id <id>

⑥ 多渠道路 Bot（可选）

pip install -e packages/thread-bot
$env:PAPER_REC_ROOT = (Resolve-Path .).Path
python -m thread_bot repl    # 本地对话
python -m thread_bot serve   # :8790 飞书/Telegram/企微/QQ

详见 docs/BOTS.md。

⑦ 回归自检

python scripts/regress_exp_wiki.py
cd packages/wiki-bridge && python -m pytest tests -q

架构一览

Paper_Rec_Skill/
├── skill/                      # paper-rec · 文献检索 + Thread + writing gates
├── skill-exp/                  # exp-sandbox · 实验沙箱 + eval_hook / exp_tree / repro
├── skill-agents/               # multi-agent-lab · Brain 编排 + 模型分级
├── skill-draw/                 # plot-draw · /draw + lib/venues.py
├── skill-wxmp/                 # wxmp-draft · /wxmp 公众号草稿箱（独立于 paper-rec）
├── apps/
│   ├── wiki-api/               # FastAPI  :8787  (/api/threads · /api/exp)
│   ├── wiki-web/               # Vue3 SPA :5173  (/threads · /experiments)
│   └── start-wiki.ps1
├── packages/
│   ├── wiki-bridge/            # sync · thread · integrity CLI（硬闸/图审/综述/反馈）
│   ├── thread-mcp/             # Thread Memory MCP Server
│   └── thread-bot/             # 飞书 / Telegram / 企微 / QQ 对话网关
├── content/
│   ├── wiki/pages/             # <kw>/<year>/<slug>/README.md
│   ├── wiki/pages/_exp/        # 实验 Wiki 镜像
│   ├── threads/                # Cognitive Thread · thread.json + events + evidences
│   ├── thread-templates/       # 主线模板市场
│   ├── exp/                    # metrics · verified_registry · curves · figures · findings
│   ├── lab/                    # multi-agent-lab runs · TaskCards · artifacts
│   ├── weekly/
│   └── uploads/
├── docs/
│   ├── ARCHITECTURE.md
│   ├── THREAD_DESIGN.md
│   ├── BOTS.md
│   ├── MCP.md
│   └── COMPETITOR_LEARN_LOG.md # 能力演进与借鉴审计（可选阅读）
├── scripts/regress_exp_wiki.py
├── VERSION
└── CHANGELOG.md

Layer	Owns
skill/	检索流水线、主线注入/重排、`/wiki*`、写作闸门协议（不含公众号发布）
skill-exp/	实验闭环；`eval_hook` / `exp_tree` / `repro_design` / `exp_reflect`
skill-agents/	多 Agent 编排；Brain 分发；fast/standard/deep 路由
skill-draw/	`/draw` + venue 顶会风格
skill-wxmp/	`/wxmp` 微信草稿箱；与 paper-rec 解耦
wiki-api / wiki-web	阅读、主线、实验看板、图谱
wiki-bridge	结构化报告 ↔ Git Markdown / Threads / 诚信 CLI
thread-mcp	MCP 暴露主线记忆工具
thread-bot	多渠道路对话 Bot
content/	唯一内容真源（可版本管理）

设计原则

Principle	Meaning
Agent-native	以 Markdown Skill 驱动，不绑定单一 IDE
Git as database	笔记、实验与主线即文件，可 diff、可备份
Cognitive before OS	护城河是研究主线记忆，而非全能发表流水线
Predict before burn	先多方案偏好排序与小规模验证，再全量训练
Verify before claim	Results 数值、引用、图注与综述 cite 须过闸门再导出
Human in the loop	自动关联默认 `suggested`；入库/claim 需 gate

实验沙箱在方案排序思路上借鉴 zjunlp/predict-before-execute（Predict-then-Verify）；详见 skill-exp/README.md。

能力演进与外部项目对照（可选）：docs/COMPETITOR_LEARN_LOG.md。

文档地图

Doc	Audience
skill/README.md	文献 Skill 中英入口
skill/SKILL.md	完整 Module 与 `/wiki` · `/ppt` · `/rebuttal`
skill/references/paper-ppt.md	精读 → 组会 PPT 契约
skill/references/rebuttal.md	审稿回复模板
skill/references/writing-gates.md	写作 / 引用 / 硬闸清单
skill/references/neurips-review-gate.md	草稿审稿维度
skill-wxmp/README.md	`/wxmp` 公众号草稿 · 独立模块
skill-exp/README.md	实验 Skill · `/labnote*` 智能笔记
skill-exp/reference/labnote.md	Lab notebook 契约与竞品打法
skill-agents/README.md	多 Agent 实验实验室 · 模型分级
skill-draw/README.md	`/draw` 出图 · venue 预设
packages/wiki-bridge/README.md	sync + thread + integrity CLI
packages/thread-mcp/README.md	MCP 安装与工具表
docs/ARCHITECTURE.md	模块边界与数据约定
docs/THREAD_DESIGN.md	Cognitive Thread v2 契约
docs/MCP.md	Thread Memory MCP · research_id 会话
docs/WEBHOOK.md	可选 Delta webhook 推送
docs/BOTS.md	飞书 / Telegram / 企微 / QQ 对话 Bot
docs/COMPETITOR_LEARN_LOG.md	能力缺口与借鉴审计日志
packages/thread-bot/README.md	Bot 包安装与端点速查
benchmarks/REPORT.md	公信力评测成绩单（Thread-Bench · LitSearch…）
benchmarks/thread-bench/README.md	Thread-Bench（主线条件排序评测）
benchmarks/litsearch/README.md	LitSearch 可复现评测
docs/MCP_PUBLISH.md	MCP 目录提交清单
docs/tutorials/thread-research-memory.md	用 Thread 管研究方向（案例）
docs/promo/README.md	宣传演示视频 · 截图 · 口播分镜
docs/GOOD_FIRST_ISSUES.md	新手可领任务
docs/MIGRATION.md	路径迁移
CHANGELOG.md	Workspace 版本历史
CONTRIBUTING.md	环境 · PR 清单 · Skill 改法

Tecience 公众号 · 来源与关注

本仓库由微信公众号 Tecience 开源维护。扫码关注 / 打开仓库：

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关键词： 回复 PAPER 获取文献 / Wiki / 实验沙箱相关说明与更新

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贡献

欢迎 Issue / PR。先读 CONTRIBUTING.md；新手任务见 GOOD_FIRST_ISSUES.md。

设计讨论请用 GitHub Discussions（若仓库尚未开启：Settings → Features → Discussions）。

案例教程：用 Thread 管一个研究方向。

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skill-write		skill-write
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.gitignore		.gitignore
CHANGELOG.md		CHANGELOG.md
CONTRIBUTING.md		CONTRIBUTING.md
LICENSE		LICENSE
README.md		README.md
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install.sh		install.sh

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