spatial_sampling_analysis/repository.txt at master · parklab/spatial_sampling_analysis · GitHub

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./
├── dat
│   ├── benchmark_variant_sets
│   │   ├── 4638_4643_germline
│   │   └── other
│   └── other
├── doc
├── misc
│   ├── initial_panel_identification
│   │   ├── load_variants.ipynb
│   │   ├── load_variants.py
│   │   ├── sonia_variants_mosaicforecast.ipynb
│   │   ├── sonia_variants_mosaicforecast.py
│   │   └── Untitled.txt
│   ├── old_readme.md
│   └── panel_of_normals
│       ├── 35328613.filter_pon.err.txt
│       ├── 35328613.filter_pon.out.txt
│       ├── filter_vcfpon.sh
│       ├── individuals.not_4638_4643.txt
│       ├── individuals.txt
│       └── runlogs
├── README.md
├── repository.txt
├── Snakemake_old_donotuse
└── src
    ├── 10x_pipelines
    │   ├── ba1718_4638_4643_analyses.nb.html
    │   ├── ba1718_4638_4643_analyses.Rmd
    │   ├── batch_generic.sh
    │   ├── batch_get_nucleotide_context.sh
    │   ├── cellranger
    │   ├── core_create_cell_to_variant_table.sbatch.sh
    │   ├── core_get_nucleotide_context.sh
    │   ├── core_script_genotype_cells.sh
    │   ├── generate_cells_to_variant.with_counts.20210328.sh
    │   ├── generate_tables_of_variants.sh
    │   ├── genotype_10x_cells.py
    │   ├── genotype_likelihood_per_cell.R
    │   ├── v1.1.16.tar.gz
    │   ├── vartrix-1.1.16
    │   └── vartrix_linux
    ├── alignments
    │   ├── batch_align.sh
    │   ├── batch_generic.sh
    │   ├── core_align.sh
    │   └── core_run_bwamem.sh
    ├── batch_generic.sh
    ├── estimate_allele_fractions
    ├── external_scripts
    │   └── ryandoan_scripts
    ├── genotyping_pipeline
    │   ├── 10X_genotyping_simulations.Rmd
    │   ├── batch_genotype_amplicon_seq.sh
    │   ├── batch_genotype_cell.sh
    │   ├── check_read_distribution_at_variant.py
    │   ├── core_estimate_coverage_at_sites.sh
    │   ├── core_genotype_amplicon_bulk.dev.py
    │   ├── core_genotype_amplicon_bulk.py
    │   ├── core_genotype_amplicon_seq.sh
    │   ├── core_genotype_cell_bcftools.filter.sh
    │   ├── core_genotype_cell_bcftools.sh
    │   ├── core_genotype_cell.py
    │   ├── core_genotype_cell.sh
    │   ├── generate_random_variant_windows.py
    │   ├── infer_aaf_from_panel.py
    │   ├── infer_trendlines_aafs.R
    │   ├── jags_script_calculate_genotype.R
    │   ├── mutation.py
    │   ├── pscmda_genotyping_scripts.R
    │   ├── pscmda_genotyping_scripts_v2.R
    │   ├── __pycache__
    │   └── summarize_combination_counts.R
    ├── phylogenetic_tree
    │   ├── batch_run.sh
    │   └── run_mpboot_iqboot.sh
    ├── popgen_scripts
    │   ├── coalescent_simulation.R
    │   ├── README.md
    │   └── regional_variant_ratio_test.R
    ├── power_analysis
    │   ├── estimate_dropout_mosaic_components.R
    │   ├── power_analysis_bulk_wgs_validation_panel.r
    │   └── spatial_somatic_mosaicism_pipeline.Rproj
    ├── preprocessing
    │   ├── batch_bamfile_preprocess.sh
    │   ├── core_bamfile_preprocess.sh
    │   ├── core_bamfile_preprocess_with_dependencies_per_sample_dedup.sh
    │   ├── core_bamfile_preprocess_with_dependencies.sh
    │   ├── core_bamfile_preprocess_with_dependencies_short.sh
    │   ├── core_gatk_base_recalibration.sh
    │   ├── core_gatk_indelrealign.sh
    │   ├── core_picard_dedup.sh
    │   ├── core_picard_rg_dedup.sh
    │   ├── core_picard_rg.sh
    │   ├── run_gatk_base_recalibration.sh
    │   ├── run_gatk_indelrealign.sh
    │   ├── run_picard_dedup.sh
    │   ├── run_picard_rg.sh
    │   ├── run_samtools_merge.sh
    │   ├── run_samtools_merge_with_input_file.sh
    │   ├── template_for_core_jobs.txt
    │   └── test.picard_dedup.txt
    ├── scMDA_alignment_pipelines
    │   ├── batch_run_adapter_trimming.sh
    │   ├── core_run_adapter_trimming.sh
    │   ├── core_run_alignment.bowtie2.sh
    │   └── core_run_alignment.sh
    ├── signature_analysis
    │   └── prepare_trinucl_matrices.R
    ├── simulations
    │   ├── wf_coalescent.nb.html
    │   └── wf_coalescent.Rmd
    └── Snakemake
        ├── bulk_wgs_preprocess
        ├── pscmda_analysis
        ├── signature_analysis
        ├── single_cell_variant_enrichment_analysis
        └── summarize_mutation_counts

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