downloadFile 'Accept-Encoding': 'gzip'

[Befzz]

Если Яндекс сжимает скачиваемый файл, то он не разжимается.

т.е. приходящие данные с заголовком 'content-encoding': 'gzip', сбрасываются в файл:
require('fs').createWriteStream(targetFile) не пропускаются через zlib.

Проверить можно убрав из запроса заголовок 'TE': 'chunked', и попробовать скачать html файлик размером в несколько мегабайт

Ну и когда приходит 'transfer-encoding': 'gzip,chunked' соответственно тоже беда.